Séminaire Philosophie de la biologie - PhilBio : présentation

Le séminaire de Philosophie de la Biologie de l'IHPST a été créé en septembre 2005 par Anouk Barberousse, Michel Morange et Thomas Pradeu. Il a lieu tous les quinze jours, dans la Salle de conférence de l'IHPST. Il fait alterner exposés de doctorants et de chercheurs internationaux. Il entend être un lieu de premier plan pour la recherche en philosophie de la biologie.

Séminaire PhilBio : 2012-2013

Séminaire PhilBio invité Ariel LINDNER

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Tuesday 22 January 2013 - 14:00 to 17:00
IHPST - Salle de conférence

La prochaine séance aura lieu le mardi 22 janvier à 14h à l'IHPST. L'intervenant sera Ariel LINDNER (INSERM, Paris Descartes, CRI) : "Phenotypic variability & the extension of ageing notions to prokaryotes".

While the effect of genetic and environmental differences on the phenotypic variability of populations have been explored thoroughly, the nature of the differences between single, isogenic organisms in a constant, homogenous environment remains mostly unknown territory. It is uncertain which of these differences are of a stochastic versus a programmed epigenetic nature. New concepts and technologies spanning from systems and synthetic biology to nanotechnology are now available to address causes and consequences of this phenotypic variability. These may play a role in cellular decision making, life, death and ageing that will be addressed in this talk.

La présentation sera suivie d'un commentaire de Pierre-Alain BRAILLARD (Université Lille 1, CHSE).

Séminaire PhilBio invité Sonia Kéfi

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Tuesday 19 February 2013 - 14:00 to 16:00
IHPST - Salle de conférence

Notre intervenante sera Sonia Kéfi (Institut des Sciences de l’Évolution, Montpellier) : "Diagnostiquer des écosystèmes sur le point de basculer" 

Les systèmes dynamiques complexes - des marchés financiers aux écosystèmes - peuvent répondre de façon non-linéaire à des perturbations. Dans certains cas, ils peuvent même présenter des points de bascule au niveau desquels une petite perturbation peu induire un effondrement du système vers un état radicalement différent. Un exemple classique de ce phénomène en écologie est la désertification des écosystèmes arides qui se produit souvent de façon abrupte, inattendue et irréversible. Prédire l’approche de ces points de bascule est un vrai défi scientifique. Récemment, des études ont mis en évidence l'existence de « symptômes » des systèmes complexes qui pourraient aider à prédire l'approche d'un point de bascule. Ces symptômes pourraient notamment être décelés dans la structure spatiale des écosystèmes. Qu’est-ce que l’organisation spatiale d’un écosystème nous apprend sur sa santé et sa résilience lorsqu'il est perturbé? Je présenterai l’état de l’art des éléments de réponse à cette question en écologie des écosystèmes en m'appuyant sur des exemples concrets.


La présentation sera suivie d'un commentaire de Philippe Huneman (IHPST).

En espérant vous voir nombreux et nombreuses.

Très amicalement,

Lucie Laplane, Gladys Kostyrka et Sébastien Dutreuil

Séminaire PhilBio invité Michel Vervoort

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Tuesday 19 March 2013 - 14:00 to 16:00
IHPST - Salle de conférence

Michel Vervoort (Institut Jacques Monod) fera une intervention sur "Les organismes-modèles en évolution et développement". 

Cette intervention sera commenté par Thierry Hoquet (Université Lyon III).

Les organismes-modèles jouent un rôle clé en biologie. Après avoir redéfini ce qu'on entend par ce terme et présenté les principales espèces modèles classiques de la biologie du développement animal (et les raisons qui ont conduit à leur choix), je mettrai en exergue la nécessité d'avoir des modèles additionnels pour comprendre l'évolution du développement des animaux. Je présenterai les 3 grandes approches qui sont menées pour le choix de ces nouveaux modèles: (i) une approche phylétique basée sur la position phylogénétique des espèces et leur représentativité par rapport aux groupes auxquels elles appartiennent; (ii) une approche centrée sur les questions biologiques précises auxquelles on s'intéresse; (iii) une approche centrée sur les possibilités expérimentales qu'offrent les espèces considérées et leur proximité phylogénétique avec des espèces modèles déjà établies. Je discuterai ces trois approches et argumenterai que, notamment grâce à un certain nombre de progrès technologiques, elles ne sont pas forcément contradictoires. J'essaierai enfin d'établir un "cahier des charges" de l'espèce modèle idéale et le confronterai avec les caractéristiques de quelques modèles émergents de la biologie du développement évolutive.

Séminaire PhilBio invité Bernadette Bensaude-Vincent & Sacha Loeve

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Tuesday 16 April 2013 - 14:00 to 16:00
IHPST - Salle de conférence

Bernadette Bensaude-Vincent et Sacha Loeve interviendront en duo sur "les médicaments vectorisés" qui sera commenté par la biologiste Florence Gazeau, spécialiste en nanomédecine.

Séminaire Philbio invité Bruno Strasser

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Tuesday 14 May 2013 - 14:00 to 16:00

Notre intervenant, Bruno Strasser (Université de Genève), intervient sur "La fin des organismes modèles ? Comparer et modéliser en biologie expérimentale".

L'essor remarquable des sciences biologiques depuis la fin du 19e siècle est généralement attribué au recours croissant à l'expérimentation et à des pratiques de recherches basées sur l'usage d'organismes modèles. Par contraste, l'histoire naturelle, qui décline à mesure que l'expérimentalisme prend son essor, fonde ses pratiques de recherche sur des approches comparatives englobant une grand variété d'organismes. Cette manière de problématiser l'histoire des sciences de la vie, entre deux régimes de production des savoirs concurrents, ne permet pas de bien rendre compte du développement récent de la recherche en biologie expérimentale. En effet, on assiste aujourd'hui au développement de pratiques de recherche basées à la fois sur l'expérimentation et sur l'approche comparative d'une grande diversité d'organismes. L'émergence de ce nouveau régime de production des savoirs remet en question à la fois le récit standard de l'histoire de la biologie et les catégories épistémologiques mobilisées pour en analyser le développement.

La présentation sera suivie d'un commentaire de Michel Morange (ENS, Université Paris 6, Centre Cavaillès).

Séminaire PhilBio invité Kim Sterelny

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Monday 24 June 2013 - 16:00 to 18:00
IHPST - Salle de conférence

La dernière séance du séminaire PhilBio reçoit Kim Sterelny (Université de Wellington) qui intervient sur le thème : "Cooperation, Culture and Conflict".

In this paper I develop a big picture conceptual model of the evolution of human cooperation, and contrast it to an alternative big picture based on group selection. The crucial claim is that hominin history has seen three major transitions in cooperation, and hence poses three deep puzzles about the origins and stability of cooperation. The first is the transition from great ape social lives to the lives of Pleistocene mutualist foragers; the second is from mutualist cooperation to cooperation based on direct and indirect reciprocation; the third is the stability of the social contract through the early Holocene transition to complex hierarchical societies. The first two of these transitions is driven mainly by individual advantage: cooperation paid off for individual foragers, initially through mutualist interaction; then through reciprocation. This argument leads to a reanalysis of the role of violence and the nature of the freeriding threat to cooperation. But the conditions that select for cooperative individuals in the Pleistocene were eroded in the Pleistocene-Holocene transition. So we need an alternative account of the survival, and indeed the expansion, of cooperation in the Holocene. Group selection driven by intercommunal conflict may well play a central role in this transition.


La présentation sera suivie d'un buffet.

Séminaire PhilBio : 2013-2014

Séminaire Philbio invité Jean Gayon

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Thursday 19 September 2013 - 14:00 to 16:00
IHPST - Salle de conférence

Le séminaire de philosophie de la biologie de l'IHPST fait sa rentrée. Lors de la première séance, Jean Gayon (Paris 1, IHPST) intervient sur la question : "Peut-on et doit-on définir la vie?".
 

Après avoir été bannie du champ des questions scientifiques dans la seconde moitié du 20e siècle (notamment François Jacob 1970), la question de la définition de la vie est de nouveau d’actualité. Ma communication examine pourquoi, et développe les idées suivantes.

  1. Je fais d’abord le constat que la reconnaissance de « la vie » (i.e. de ce que nous reconnaissons comme vivant dans le monde de l’expérience, a toujours été et demeure un processus intuitif, pour le savant comme pour le profane. On ne doit donc pas s’attendre à pouvoir aisément tirer une définition de la vie à partir de cette expérience préréflexive, car notre appareil cognitif n’a pas été conçu dans ce but.
  2. Je considérerai ensuite la question de savoir si et pourquoi la vie doit être définie par la science. Je rappellerai la distinction classique entre les définitions lexicales (fondées sur les usages courants d’un mot), et les définitions stipulatives (ou « législatives »), qui assignent délibérément un sens à un mot, dans le but de clarifier des arguments scientifiques ou philosophiques. Dans la science contemporaine, il y a de très nombreuses définitions lexicales de la vie, mais peu de définitions stipulatives ; l’intérêt de celles-ci est en outre fortement contesté. Je rappellerai au passage l’importante critique que Karl Popper a faite de la définition comme méthode de connaissance dans les sciences et en philosophie, méthode dont il a dénoncé la stérilité. Ce texte capital de Popper (The Open Society and its Ennemies, London, Routledge and Kegan Paul, 1945 : vol. II), étroitement lié à son combat contre l’essentialisme, a été curieusement écarté de la traduction française de La Société ouverte et ses ennemis. Comme Popper, je suis sceptique sur l’intérêt des définitions comme enjeu fondamental de connaissance, et comme lui je suis convaincu de leur importance dans un but pragmatique de communication. À cet égard, une distinction supplémentaire particulièrement utile dans le cas de la vie, la distinction entre définition théorique et critères de reconnaissance. Je suis sceptique sur la possibilité de trouver une définition de la vie en un sens fort ; en revanche, il est extrêmement utile aujourd’hui de disposer de critères de reconnaissance de la vie dans des domaines comme l’exobiologie, la vie artificielle, et l’étude des origines de la vie.
  3. J’examine ensuite les définitions théoriques courantes de la vie qui sont aujourd’hui discutées dans la littérature scientifique, et propose une classification. Certaines mettent l’accent sur le métabolisme (et donc « l’automaintien », voire « l’autoproduction »), d’autres sur la reproduction et l’évolution, d’autres encore se démarquent de ces définitions et se tournent plus ou moins ouvertement vers une approche philosophique (voir Gayon, J., Malaterre, C., Morange, M., Raulin-Cerceau, F., & Tirard, S, eds. Defining Life. Numéro spécial de Origin of Life and Evolution of the Biosphere, 40, 2010). J’examine plus particulièrement l’enjeu d’une définition de le vie dans le domaine des études sur les origines de la vie.
  4. Je tourne mon attention, enfin, vers les « définitions philosophiques de la vie (animation, mécanisme, organisation), dont Georges Canguilhem a offert un panorama saisissant dans l’article encyclopédique « Vie » qu’il a publié en 1968 (“Vie”. In Encyclopaedia universalis, 1968). Il est à noter que ces trois concepts philosophiques de la vie ont été élaborés avant l’émergence de la « biologie » comme discipline scientifique explicitement caractérisée comme science de tous les phénomènes et êtres vivants et d’eux seuls (Hanov 1766, Bichat 1801, Lamarck 1802, Treviranus 1802, voir Gayon in Monnoyeur 2008, et Mclaughlin, “Naming Biology”. Journal of The History of Biology, 35 : 1-4). Ces trois concepts constituent un héritage commun qui persiste à structurer la connaissance scientifique comme la connaissance commune de la vie aujourd’hui. J’attirerai l’attention sur l’écho que ces définitions traditionnelles trouvent dans les définitions scientifiques contemporaines de la vie, et dans le lexique usuel dont nous nous servons pour désigner les êtres vivants (notamment le terme d’“organisme”).

Séminaire Philbio invité Jean Deutsch

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Thursday 17 October 2013 - 14:00 to 16:00
IHPST - Salle de conférence

La prochaine séance du séminaire Philbio reçoit Jean Deutsch, (Université Pierre et Marie Curie, Paris 6) qui intervient sur la question suivante : "La crise actuelle du concept moléculaire de gène".

Le concept moléculaire du gène, défini dans les années 1960 comme un segment continu d’ADN codant, est aujourd’hui obsolète : il ne répond plus aux nouvelles découvertes de la génétique moléculaire des dernières décennies. Je présente quelques propositions qui permettraient de résoudre cette crise conceptuelle. Je discute en particulier de la différence nécessaire entre « message » et « information » ; des différentes instances où le message génétique est inscrit ; de la « syntaxe génomique » qui organise les messages génétiques.

Séminaire PhilBio invité James Dyke

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Thursday 7 November 2013 - 14:00 to 16:00
IHPST - Salle de conférence

James Dyke intervient au séminaire philbio sur le thème "The emergence of environmental homeostasis in complex ecosystems".

Séminaire PhilBio invité Werner Callebaut

French
Wednesday 20 November 2013 - 11:00 to 13:00
IHPST - Salle de conférence

Werner Callebaut (Konrad Lorenz Institute) intervient sur la question suivante : La philosophie de la biologie comme biologie théorique : une promesse mal tenue ?

Il est plus facile de définir la philosophie de la biologie contemporaine, née dans les années 1970, que la biologie théorique d’hier et d’aujourd’hui. En ce qui concerne la philosophie de la biologie, j’adopterai la position de Stotz et Griffiths (2003) : elle concerne tout débat biologique dans lequel des questions conceptuelles et empiriques sont tellement enchevêtrées que tout progrès requiert les outils de l’analyse philosophique autant que des connaissances scientifiques. C’est d’une philosophie de la biologie ‘naturalisée’ de manière cohérente (voir Callebaut 2005, 2007) que David Hull (1969) espérait qu’elle puisse découvrir, expliquer et même résoudre des problèmes en théorie et méthodologie biologiques.

Pour circonscrire la biologie théorique de manière utile, je suggèrerai qu’il vaut la peine de revisiter les grands théoriciens allemands et autrichiens comme Johannes Reinke (1849-1931), Jakob von Uexküll (1864-1944), Julius Schaxel (1887-1943) et Ludwig von Bertalanffy (1901-1972) (voir Callebaut 2013a). Qu’est-ce qui distingue les théories biologiques de leurs rivales — c’est le cas de le dire — en physique et chimie ? Quelles sont les relations entre théorisation et modélisation en biologie ?

Je passerai en revue un nombre de contributions philosophiques qui passent le test de « contribution à la biologie théorique ». Mais ma préoccupation principale seront les « tendances scolastiques » qui semblent caractériser de plus en plus la philosophie de la biologie aujourd’hui (Kitcher 2012 ; Callebaut 2013b)."


Références:

  • Callebaut W (2005) "Again, what the philosophy of biology is not". Acta Biotheoretica 53:93-122
  • Callebaut W (2007) "Transcendental niche construction". Acta Biotheoretica 55:73-90
  • Callebaut W (2013a) "Naturalizing theorizing: Beyond a theory of biological theories". Biological Theory 7:413-429
  • Callebaut W (2013b) "Scholastic temptations in the philosophy of biology". Biological Theory 8:1-6
  • Hull DL (1969) What philosophy of biology is not. Journal of the History of Biology" 2:241-268; Synthese 20:157-184
  • Kitcher P (2012) Preludes to Pragmatism: Toward a Reconstruction of Philosophy. Oxford UP
  • Stotz K, Griffiths PE (2003) How biologists conceptualize genes : An empirical study (ms.)




Veuillez trouver ci-dessous le programme des prochaines séances :

  • 5 décembre - Virginie Maris et Vincent Devictor - Quand la nature déborde (en partenariat avec le séminaire HPSE)
  • 9 janvier - Marie Kaiser - TBA
  • 27 février - Livio Riboli-Sasco - TBA
  • 20 mars - Laurent Loison - Pourquoi la biologie moléculaire a-t-elle fait le choix du déterminisme?

Séminaire PhilBio invité Virginie Maris & Vincent Devictor

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Thursday 5 December 2013 - 14:00 to 16:00
46 rue d'Ulm - 5eme étage - salle 513

La séance du séminaire philbio du jeudi 5 décembre 2014 est organisée en partenariat avec le séminaire HPSE (BIOEMCO-ENS). Virginie Maris (CEFE, Montpellier) et Vincent Devictor (ISEM, Montpellier) interviennent sur le thème : "Quand la nature déborde".

Notez que la séance n'a pas lieu dans la salle habituelle mais au 46 rue d'ulm, 5eme étage, salle 513.

Séminaires PhilBio et PhilMed

French
IHPST - Salle de conférence

Dr. John Matthewson (Massey University, Sydney University, Charles Perkins Centre) interviendra sur : "Adaptationism and the evolutionary medicine revolution" dans le cadre des séminaires PhilMed et PhilBio à l'IHPST de 14h à 16h.

Il s'agit d'une séance exceptionnelle des séminaires PhilMed et PhilBio, séminaires de philosophie de la médecine et de la biologie. Le sujet propre à cette séance - la médecine évolutionnaire - étant au croisement de la philosophie de la médecine et de la philosophie de la biologie, il est susceptible d’intéresser tous ceux qui suivent avec intérêt les activités de ces séminaires.


A NOTER que cette séance se tiendra juste après une séance du séminaire PhilBio, qui aura lieu le jeudi 5 décembre à 14h. A NOTER également la prochaine séance du séminaire PhilMed qui aura lieu le 16 décembre de 13h à 15h sur le thème de la définition de la maladie. Contact : sem.philmedATgmail.com



Résumé :
In the 1990s George C. Williams and Randolph Nesse announced the beginning of a possible paradigm shift in medical education, research and treatment. In their view, the utilisation of evolutionary principles in medicine was going to revolutionise the domain.

However, more than 20 years later this "revolution" has been rather underwhelming, at least as far as the management of non-communicable diseases is concerned. Although an evolutionary perspective has provided some explanations for why we get sick, it has not produced much in the way of new research directions or treatment outcomes. After so much promise, we might wonder whether the failure of evolutionary medicine to live up to expectations is because it actually cannot deliver the goods, or because researchers have not always approached the issues in the right way.

In an attempt to address this question, I will outline what a successful and truly transformative evolutionary approach to medicine can and cannot be, illustrated with examples from the scientific literature. On the way, we will engage with questions regarding the identification of biological functions, and the appropriate application and understanding of "adaptationism" in medical science. This talk is substantially based on collaborative work with Paul Griffiths.


***

Ceux qui le souhaitent peuvent éventuellement consulter ces textes, indiqués par l’intervenant (les deux premiers textes sont en pièce jointe) :

  • F. M. Low, P.D. Gluckman, M.A. Hanson, “Developmental plasticity, epigenetics and human health”, Evol. Biol. 39:650-665, 2012
  • S. A Valles, “Evolutionary medicine at twenty: rethinking adaptationism and disease”, Biol. Philos. 27(2):241-261, 2012
  • P. Gluckman, A. Beedle, M. Hanson, Principles of evolutionary medicine, Oxford University Press, 2009

Séminaire PhilBio invité Marie Kaiser

French
Thursday 9 January 2014 - 14:00 to 16:00
IHPST - Salle de conférence

Marie Kaiser de l'Université de Cologne intervient le 9 janvier 2014 au séminaire philbio sur le thème: "On the Limitations of Reductionism in the Biological Sciences".

Séminaire PhilBio invité Laurent Loison

French
Thursday 20 March 2014 - 14:00 to 16:00
IHPST - Salle de conférence

Laurent Loison (Université de Strasbourg) intervient jeudi 20 mars à 14 heures dans la grande salle de l'IHPST sur le sujet suivant: "Pourquoi la biologie moléculaire a-t-elle fait le choix du déterminisme?".

Depuis une quinzaine d’années, le déterminisme mécaniste de la biologie moléculaire et une conception rigide et géno-centrée du programme génétique ont été régulièrement critiqués, à la fois par les biologistes et par les philosophes de la biologie. Dans le sillage de ces débats, cette communication poursuit deux objectifs. Dans un premier temps, en m’appuyant sur les textes publiés et non publiés de Jacques Monod et François Jacob, je souhaiterais montrer que cette orientation – consubstantielle à la genèse de la biologie moléculaire – n’est pas le prolongement de lignes de recherche antérieures et traditionnelles. Elle correspond au contraire à une rupture, c’est-à-dire à un choix explicitement revendiqué. Dans un second temps, j’analyserai les raisons qui ont pu conduire Jacob et Monod à opter pour un tel positionnement théorique.

Veuillez trouver ci-dessous le programme des prochaines séances :

  • 24 avril - Livio Riboli-Sasco - Au-delà de l'information, enquête sur les traces biologiques
  • 22 mai - Ellen Clarke - The multiple realizability of biological individuality

Séminaire PhilBio invité Ellen Clarke

French
Thursday 22 May 2014 - 14:30 to 16:30
IHPST - Salle de conférence

La prochaine séance du séminaire Philbio aura lieu le jeudi 22 mai, à 14 heures 30, dans la grande salle de l'IHPST (2ème étage). Notre invitée sera Ellen Clarke (Université d’Oxford). Elle interviendra sur la question suivante : « The multiple realizability of biological individuals ».

Biological theory demands a clear organism concept, but at present biologists cannot agree on one. They know that counting particular units, and not counting others, allows them to generate explanatory and predictive descriptions of evolutionary processes. Yet they lack a unified theory telling them which units to count. In this paper, I offer a novel account of biological individuality that reconciles conflicting definitions of “organism” by interpreting them as describing alternative realizers of a common functional role, and then defines individual organisms as essentially possessing some mechanisms that play this role.



La séance sera suivie d’un buffet amical.

Séminaire PhilBio invité Ana Soto

French
Friday 20 June 2014 - 14:00 to 16:00
IHPST - Salle de conférence

Ana SOTO (Tufts University School of Medicine ; Ecole Normale Supérieure) intervient jeudi 20 février sur le thème : "Toward a Theory of Organisms".

The theory of evolution has provided an increasingly adequate explanation of phylogeny. However, biologists have yet to generate a theory of organisms that would encompass ontogeny and life cycles, and thus phenomena on the time-scale from conception to death.

We propose that theoretical extensions of physics are required in order to grasp the living state of matter that will help to describe the proper biological observables, i.e. the phenotypes. Biological entities must also follow the underlying principles that we use to understand the inert matter. However, these physical laws and principles may not suffice to make the biological dynamics intelligible at the phenotypic level. Like Galileo, who proposed a principle of inertia as default state in mechanics, we have proposed two aspects of the default state in biology, and a framing principle, namely: i) Default state: cell proliferation with variation as a constitutive property of the living. Variation is generated by the mere fact that cell division generates two overall similar, but not identical cells. ii) Default state: motility, which encompasses cell and organismic movements as well as movement within cells. iii) Framing principle: life phenomena are never identical iterations of a morphogenetic process. Organisms are the consequence of the inherent variability generated by proliferation, motility and auto- organization which operate within the framing principle. From these basic premises, we will elaborate on the generation of robustness, the structure of determination, and the identification of biological proper observables.

Séminaire PhilBio : 2014-2015

Le séminaire de Philosophie de la Biologie de l'IHPST a été créé en septembre 2005 par Anouk Barberousse,Michel Morange et Thomas Pradeu. Il a lieu tous les mois, dans la salle de conférence de l'IHPST. Il fait alterner exposés de doctorants et de chercheurs internationaux. Il entend être un lieu de premier plan pour la recherche en philosophie de la biologie.
 

Séminaire PHILBIO invité Sabine Leonelli

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Thursday 12 February 2015 - 15:00 to 17:00
IHPST - Salle de conférence

Sabina Leonelli  (University of Exeter) interviendra sur le thème suivant :"What counts as scientific data? Learning from Data journeys in the life sciences."

Résumé

This paper proposes an account of scientific data that makes sense of recent debates on data-intensive and ‘big data’ research, while also building on the history of data production and use particularly within biology. In this view, data is a relational category applied to research outputs that are taken, at specific moments of inquiry, to provide evidence for knowledge claims of interest to the researchers involved. They do not have truth-value in and of themselves, nor can they be seen as straightforward representations of given phenomena. Rather, they are fungible objects defined by their portability and their prospective usefulness as evidence.

Séminaire PHILBIO invité Fehrat Taylan

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Thursday 19 March 2015 - 11:00 to 13:00
IHPST - Salle de conférence

Fehrat Taylan (Collège international de philosophie) interviendra sur le thème suivant: "Ecologie et mésologie: deux sciences concurrentes de l'environnement au 19ème siècle."

Résumé

Dans les années 1860, avec quelque années d'écart seulement, émergent en France et en Allemagne deux projets de sciences "environnementales", visant à systématiser la compréhension des rapports entre les vivants et leur entourage. Tandis que le naturaliste Haeckel élabore l'écologie à partir des conditions de possibilité ouvertement darwiniennes - où l'enjeu principal est de saisir les rapports entre les populations concurrentes dans un espace de vie donné -, le médecin positiviste Bertillon lance le projet d'une mésologie,science des milieux fondée sur la lignée Lamarck-Comte, qui tend à concevoir le rapport entre un individu représentatif de l'espèce et son milieu à la fois naturel et social. L'écart théorique est donc considérable entre les deux projets, et permet de penser la divergence entre une science de l'oikos concentrée sur la compétition et une science de mesos s'occupant de l'influence. Cet écart épistémologique permet ensuite de comprendre la postérité, notamment politique, de ces deux projets concurrents: si l'écologie a eu le destin qu'on connaît, la mésologie n'a pas moins été, pendant une première phase de la Troisième République, le paradigme environnemental constant permettant de gouverner les populations par l'aménagement de leur milieu.  

Séminaire PHILBIO invité Manuel Blouin

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Thursday 9 April 2015 - 15:00 to 17:00
IHPST - Salle de conférence

Manuel Blouin (Université Paris Est Créteil) interviendra sur le thème suivant: "Est-il possible de gérer un système auto-organisé comme l'écosystème ?" 

La séance sera retransmise en direct à http://live.univ-paris1.fr:8080/IHPST(link is external) (ouvrir un flux dans VLC).

Résumé

L'auto-organisation est un phénomène de mise en ordre croissant ou de coordination qui se développe à partir des interactions locales entre les composants d’un système initialement désordonné. Ce processus est spontané et n’est pas dirigé par un agent interne ou externe au système. L’organisation résultante est entièrement décentralisée. Une population, une communauté ou un écosystème présentent des caractéristiques propres aux systèmes auto-organisés. Plusieurs exemples seront évoqués. Je tenterai d’identifier en quoi les organismes vivants ajoutent une complexité spécifique à ce principe d’auto-organisation. Puis, j’aborderai la question de l’ingénieur écologue qui souhaite gérer un système auto-organisé tel qu’un écosystème. Plusieurs questions seront abordées au travers d’exemples: N’y-a-t-il pas une contradiction à vouloir gérer un système auto-organisé ? Quelle est la nature des objectifs que peut se fixer le gestionnaire d’un écosystème ? Quelles procédures employer pour atteindre ces objectifs ? Est-ce que cela est efficace ?

 

Séminaire PHILBIO invité James Griesemer

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Monday 22 June 2015 - 15:00 to 17:00
IHPST - Salle de conférence

James GRIESEMER  (University of California, Davis) interviendra sur le thème suivant: "Evo-Devo from a Reproducer Process Perspective"

Séminaire Philbio : 2015-2016

 

 

 

Séminaire PHILBIO invité Emanuele Coco

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Tuesday 10 November 2015 - 15:30 to 17:00
IHPST - Salle de conférence

Notre invité sera Emanuele COCO (Université de Catane). Il interviendra sur le thème suivant: « Le 'véritable altruisme' peut-il rester stable dans une population soumise à la sélection naturelle? »

Résumé: Quatre cycles de leçons inédites écrites par William Donald Hamilton entre 1965 et 1975 – que j'ai trouvées à la British Library, Londres – offrent la possibilité de tracer un cadre des positions théoriques du fondateur de “inclusive fitness” et contestent certaines interprétations de sa pensée. La dernière partie du séminaire sera consacrée à la notion de «veritable altruisme» et à sa propagation possible dans une population naturelle.

Séminaire PHILBIO invité Jacob Stegenga

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Tuesday 29 September 2015 - 15:30 to 17:00
IHPST - Salle de conférence

Notre invité sera Jacob STEGENGA (Université de l'Utah). Il interviendra sur le thème suivant: « Population Pluralism »

Résumé: What conditions must a group of organisms satisfy such that the group can evolve? Philosophical work on the concept of biological populations has recently exploded. There have been broad, abstract approaches to answering this question, such as Lewontin’s articulation of Darwinian conditions (heritable variation of fitness), and there have been narrower approaches which employ more constraining conditions, such as spatiotemporal boundary requirements or conspecifity. In this talk I review the most prominent analyses of biological populations, and argue that the narrow approaches face numerous difficulties, including conceptual problems, empirical counter-examples, and operational challenges. I argue for a radical notion of biological populations—what I call population pluralism—which holds that for a single set of organisms there may be multiple ways to properly demarcate that set into biological populations. 

La conférence sera retransmise en direct à l'adresse suivante : http://live.univ-paris1.fr:8080/IHPST

Séminaire PHILBIO invité Justin Smith

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Tuesday 6 October 2015 - 15:30 to 17:00
IHPST - Salle de conférence

Notre invité sera Justin SMITH ( Université Paris Diderot - Paris VII). Il interviendra sur le thème suivant: "La race dans les 'systèmes de la nature' ".

Rés​umé: Dans cette présentation, je vais résumer les arguments principaux de mon livre récent, Nature, Human Nature, and Human Difference: Race in Early Modern Philosophy" (Princeton, 2015). http://press.princeton.edu/titles/10499.html.

 

Séminaire PHILBIO invité Paul Rainey

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Tuesday 8 December 2015 - 15:30 to 17:00
IHPST - Salle de conférence

Notre invité sera Paul RAINEY (New Zealand Institute for Advanced Studies). Il interviendra sur le thème suivant : "Origins of multicellularity"

Résumé: The evolution of multicellular life from unicellular predecessors marks a Major Evolutionary Transition that has been central to the emergence of complex biological form.  Cooperation is central to the process, however the means by which the earliest groups of cells maintained integrity in the face of destructive cheating types is unclear.  One idea posits cheats as a primitive germ line in a life cycle that facilitates group reproduction.  I will describe an experiment in which simple cooperating lineages of bacteria were propagated under a selective regime that rewarded collective-level fecundity.  Collectives reproduced via life cycles that either embraced, or purged, cheating types.  When embraced, the life cycle alternated between phenotypic states.  Selection fostered inception of a developmental switch that underpinned the emergence of collectives whose fitness, during the course of evolution, became decoupled from the fitness of constituent cells.  Such development and decoupling did not occur when groups reproduced via a cheat-purging regime.  The findings capture key events in the evolution of Darwinian individuality during the transition from single cells to multicellularity — they also draw attention to life cycles and the role they play in establishing conditions for selection to operate over time scales longer than those defined by the doubling time of individual cells.  If time permits, I will discuss recent work at ESPCI using droplet technologies to construct ecological conditions sufficient to promote Major Evolutionary Transitions of an egalitarian type, such as those that led to evolution of the eukaryotic cell.

Séminaire PHILBIO invités Lucie Laplane et Pierre-Luc Germain

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Tuesday 26 January 2016 - 15:30 to 17:00
IHPST - Salle de conférence

Nos invités seront Lucie Laplace (IHPST/CNRS) et Pierre-Luc Germain (Institut Européen d'Oncologie). Ils interviendront sur le thème suivant: "Evolution clonale : les cellules cancéreuses sont-elles des populations darwiniennes paradigmatiques ?"

 

Résumé: 

Au sein d'une tumeur, où les ressources sont limitées, des cellules cancéreuses se reproduisent avec variations, et sont par conséquent inévitablement sujettes à un processus de sélection naturelle (on parle à ce sujet d'évolution clonale). Or, qu'il y ait sélection naturelle n'implique pas nécessairement que ce processus soit fondamental à notre compréhension des cellules cancéreuses et de leurs transformations. L'un de nous a précédemment soutenu que les cellules cancéreuses ne sont pas des populations darwiniennes paradigmatiques (Godfrey-Smith 2009), qu'elles présentent peu ou pas d'adaptations complexes, et par conséquent que l'architecture initiale des cellules joue un rôle bien plus grand que la sélection naturelle dans l'explication et la prédiction de leurs caractéristiques et transformations (Germain 2012). Dans un premier temps, nous résumerons brièvement ces arguments.

Dans un second temps, nous explorerons les implications cliniques de cette thèse. Nous soutiendrons que l'organisation cellulaire du tissu cancéreux est un facteur déterminant de l'évolution clonale. L'évolution clonale peut prendre deux formes bien distinctes chez les patients, elle peut se faire de manière linéaire ou branchée. Dans le premier cas, les mutations s'accumulent de manière séquentielle dans le dernier clone alors que dans le second cas différents sous-clones sont sujets à une évolution parallèle. En poursuivant l'argument de Pierre-Luc Germain (2012), nous montrerons que la quantité et l'état prolifératif des cellules souches cancéreuses ainsi que le degré de plasticité cellulaire au sein de la population cancéreuse sont des facteurs déterminants dans l'architecture clonale (c'est-à-dire dans le fait que l'évolution se produit de manière linéaire ou branchée). Une meilleure compréhension de l'architecture clonale peut avoir des bénéfices cliniques en particulier pour les transformations des leucémies chroniques en leucémies aiguës et, plus généralement, pour la gestion des stades pré-malins.

Pour finir, nous reviendrons sur la question de savoir si des adaptations complexes sont possibles à l'échelle supra-cellulaire plutôt qu'à l'échelle des cellules cancéreuses elles-mêmes. En se basant sur une approche multi-niveaux, Lean et Plutynsky (2016), ont récemment soutenu que les “interactions coopératives” entre les cellules de certaines tumeurs sont telles que ces dernières devraient être considérées comme des entités “intégrées”, elles-mêmes sujettes à la sélection naturelle, et dont le développement représente une adaptation complexe. Nous discuterons la possibilité d'une telle sélection sous deux angles. D'abord, nous examinerons à quel point le développement des métastases (principal exemple utilisé par les auteurs) peut être considéré comme un cas de sélection à un niveau supra-cellulaire. Ensuite, nous utiliserons à nouveau le cadre conceptuel développé par Godfrey-Smith pour évaluer, plus généralement, la plausibilité d'adaptations complexes à ce niveau.

Séminaire Philbio - Eric Bapteste

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Wednesday 17 February 2016 - 11:30 to 13:00
IHPST - Salle de conférence

Eric Bapteste interviendra sur le thème suivant : « Penser (les) collectifs ! »

Résumé : Dans cet exposé, je présenterai des exemples et des arguments en faveur des thèses suivantes:
1) La biologie est fondamentalement une science des liens.
2) La biologie évolutive est fondamentalement une science des réseaux dynamiques.
3) L’ubiquité des collectifs, systèmes composés de multiples agents interdépendants, représentables de manière abstraite, par des réseaux offre une opportunité unique pour unifier, recomposer et étendre la théorie de l’évolution.
4) Cette perspective améliore notre capacité à décrire et expliquer la diversité des phénotypes étendus omniprésents sur la planète, à tous les niveaux d’organisation biologique (des molécules aux écosystèmes).

Séminaire Philbio - Robert Brandon

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Thursday 19 May 2016 - 15:00 to 16:30
IHPST - Salle de conférence

‘Evolution’ Reconsidered

Abstract:  The following are mutually inconsistent: (A) Evolution is the result of evolutionary processes acting on evolutionary systems over evolutionary time; and (B) Evolution is change in ___________.  The blank in B is usually filled in with ‘gene frequencies’, but whether one chooses to define evolution in those terms vs. phenotypic or developmental terms makes no difference to the point here.  The incompatibility between A and B is based on defining evolution in terms of change.  First I point out the incompatibility.  The simplest example is strong stabilizing selection producing stasis, where stasis is hard to achieve and would not occur were it not for the presence of strong selection.  Next I argue that from a theoretical point of view, it is much more important to preserve A than B.  B not only serves no theoretical purpose, it positively misleads, for instance it forces us to say in the above mentioned case that evolution is not occurring, even though an evolutionary system is being tightly constrained by evolutionary processes.  From a theoretical point of view it is much preferable to define evolution as a transition from a point in state space at time t to a point in state space at time t + Δ, where Δ is at least one generation in length.  Finally, I point out that what is true of our best theoretical vocabulary is also true of the way we speak of evolution every day—we really ought to revise the way we talk about evolution.

 

Séminaire Philbio - Robert Hazen

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Wednesday 9 March 2016 - 16:00 to 17:30
IHPST - Salle de conférence

Robert Hazen interviendra sur le thème suivant: "Chance, Necessity, and the Origins of Life"

Earth’s 4.5 billion year history is a complex tale of deterministic physical and chemical processes, as well as "frozen accidents." This history is preserved most vividly in mineral species, as explored in new approaches called "mineral evolution" and "mineral ecology." We find that Earth's changing near-surface mineralogy reflects the co-evolving geosphere and biosphere in a variety of surprising ways that touch on life's origins. Recent research adds two important insights to this discussion. First, chance versus necessity is an inherently false dichotomy—a range of probabilities exists for many natural events. Second, given the astonishing combinatorial chemical richness of early Earth, chemical events that are extremely rare may, nevertheless, be deterministic on time scales of a billion years.

Séminaire Philbio : 2016-2017

Le séminaire de Philosophie de la Biologie de l'IHPST a été créé en septembre 2005 par Anouk Barberousse,Michel Morange et Thomas Pradeu. Il a lieu tous les mois, dans la salle de conférence de l'IHPST. Il fait alterner exposés de doctorants et de chercheurs internationaux. Il entend être un lieu de premier plan pour la recherche en philosophie de la biologie.

Responsable (s): 

Séminaire PhilBio -01- Maureen O'Malley

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Monday 26 September 2016 - 16:00 to 18:00
IHPST - Salle de conférence

Notre invitée sera Maureen O'Malley, titulaire d'une Chaire d'Excellence IdEX à l'Université de Bordeaux (CIRID / ALYSAI), elle interviendra sur le thème suivant: 

"Holobionts and their epistemic status"

Résumé : There has been a lot of discussion recently about the ‘nature’ of holobionts (communities of microorganisms in all sorts of niches, including the human body, which will be my focus). I doubt this is a genuine metaphysical debate. I will show you how certain supposedly holistic notions of holobionts came about epistemically (as methodological artefacts). I will then show how strong community-level notions of holobionts are being undermined as mechanistic analyses come to the fore in this research field. Also undermined are accompanying claims about ‘dysbiosis’ and ‘homeostasis’. Finally, I will reflect on whether communities that do not function as physiological wholes could possibly function as evolutionary individuals.

Séminaire PhilBio -02- Paul Griffiths

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Monday 17 October 2016 - 16:00 to 18:00
IHPST - Salle de conférence

Notre invité sera Paul Griffiths (University of Sydney), il interviendra sur le thème suivant : "Causation and Information in Living Systems".

 

Résumé: Biologists tend to think of structures as carrying information when they are involved in causally specific relationships” (Woodward 2010, 314). We analyze three examples in which biologists have singled out some causes as sources of information for their effects. These are (1) Francis Crick’s use of the idea of information to state the Central Dogma and sequence hypothesis, (2) distinctions between ‘instructive’ and ‘permissive’ interactions in development, (3) recent work seeking to locate the 'missing information' for mRNA splicing. These case studies provide significant support for Woodward's proposal. We briefly summarize earlier work in which we have developed a quantitative measure of causal specificity using tools from information theory, and use this to analyze and argue against two proposals to define biological information as specificity plus some extra ingredient.  We conclude that the idea of causal specificity is a promising explication of the idea that some but not all causes in biology are sources of information for their effects.

 

Séminaire PhilBio -03- Charles T. Wolfe

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Monday 21 November 2016 - 16:00 to 18:00
IHPST - Salle de conférence

Notre invité sera Charles T. Wolfe (Sarton Center for History of Science, Ghent University), il interviendra sur le thème suivant: 

"Organismes, économies animales, constitution de la biologie: Écrire l’histoire du vitalisme"

 

Résumé: 

Le problème du statut du vitalisme dans l'histoire de ce qu'on appelait à l'époque de Canguilhem et Jacques Roger, la « pensée biologique », est connu. Le vitalisme désignerait la doctrine, ou ensemble de doctrines, qui serait aux limites (ou aux marges ?) de la pratique scientifique raisonnable. Selon cette vision commune et encore assez répandue (plus encore dans le contexte anglophone qu'en Allemagne ou en France, où certaines intuitions biophilosophiques font encore partie d'un patrimoine quasi-national, avec des accents kanto-hégéliens, bichato-bernardiens, etc.), le vitalisme consiste à tricher : à faire entrer en jeu des forces vitales mystérieuses, au sein d'une étude prétendument scientifiquement de la nature vivante (en biologie, en embryologie, en médecine, en physiologie, etc.). On doit par exemple à Francis Crick une célèbre formule sur les vitalistes, « charlatans » contemporains (cranks) : «  à ceux d’entre vous qui seraient vitalistes, je fais ce pronostic : ce que tout le monde croyait hier, et que vous croyez aujourd’hui, demain seuls les charlatans (cranks) le croiront » (Crick 1966).

J'ai tenté plusieurs fois de dissiper ou critiquer cette intuition courante, surtout en essayant d’historiser la question (Wolfe & Terada 2008, Wolfe & Normandin, dir. 2013), afin de montrer qu’il existe plusieurs formes de vitalisme (Wolfe 2011, 2015a). Au minimum, un vitalisme ‘substantiel’, qui pose l’existence d’une force ou principe vital comme substance (au même titre que le reste des choses existantes au monde) : c’est typiquement la position de Stahl ou de Driesch (ibid.). Puis un vitalisme ‘fonctionnel’, qui cherche à saisir les propriétés fonctionnelles de systèmes vivants, sans transmuer ces propriétés en un fondement ontologique : c’est typiquement la position des vitalistes de Montpellier mais aussi de Claude Bernard, y compris telle qu’elle est reprise de nos jours par W. Bechtel (Bechtel 2007, 2013). Enfin, j’ai tâché de montrer ailleurs que chez Canguilhem, à la suite de Kurt Goldstein (mais prolongeant une intuition kantienne, que l’on retrouvera également chez le Dennett du ‘intentional stance’), on trouve une sorte de vitalisme ‘cognitif’ ou ‘constructiviste’, au sens où il se fonde sur un acte de construction mentale (Canguilhem 1965 ; Wolfe 2013 & 2015b).

Je tâcherai ici (i) de revenir sur cette historisation du vitalisme, en posant la question (ii) de son rapport à l’histoire des sciences et à une pratique scientifique légitime (Šešelja & Straßer 2014), à la constitution de la biologie comme science (McLaughlin 2002, Gayon 2011) et (iii) du statut du vitalisme aujourd’hui, dans un contexte marqué par les divers refus du génocentrisme (particulièrement du type West-Eberhard, Oyama, Griffiths – voir les articles dans le n° spécial de History and Philosophy of the Life Sciences de 2010 sur le concept d’organisme, dir. Huneman et Wolfe) mais aussi dans les tendances vitalistes présentes dans l’énactivisme, que je rangerai dans la catégorie ‘substantialiste’ (tel Evan Thompson, 2007, discuté sous la catégorie d’embodiment dans Wolfe 2014). Car après tout, il ne suffit pas d’opposer à l’opprobre d’un Crick, la suffisance tranquille de l’épistémologie historique.

 

Bibliographie

Bechtel, W. (2007). Biological mechanisms: Organized to maintain autonomy. In F. Boogerd et al., dir., Systems Biology: Philosophical Foundations. New York: Elsevier.

Bechtel, W. (2013). Dynamic Mechanistic Explanation: Addressing the Vitalist’s Objections to Mechanistic Science. In Wolfe, C.T., Normandin, S. dir., Vitalism and the scientific image in post-Enlightenment life science, 1800-2010. Dordrecht: Springer.

Canguilhem, G. (1965). Aspects du vitalisme [1946-1947]. In Canguilhem, La connaissance de la vie, éd. revue. Paris: Vrin.

Crick, F. (1966). Of Molecules and Men. Seattle: University of Washington Press.

Gayon, J. (2011). Vitalisme et philosophie de la biologie. In P. Nouvel, dir., Repenser le vitalisme. Paris: PUF.

Gilbert, S., Sarkar, S. (2000). Embracing Complexity: Organicism for the 21st Century. Developmental Dynamics 219: 1-9.

McLaughlin, P. (2002). Naming biology. Journal of the History of Biology 35: 1-4.

Šešelja, D., & Straßer, C. (2014). Epistemic justification in the context of pursuit: A coherentist approach. Synthese 191(13): 3111-3141

Thompson, E. (2007). Mind in Life. Cambridge, Mass.: Harvard University Press.

Wolfe, C.T. (2011). From substantival to functional vitalism and beyond, or from Stahlian animas to Canguilhemian attitudes. Eidos 14: 212-235

Wolfe, C.T. (2013). L’organisme : concept hybride et polémique. In J.-J. Kupiec, dir., La vie, et alors ? Une histoire critique de la biologie. Paris: Belin.

Wolfe, C.T. (2014). Holism, organicism and the risk of biochauvinism. Verifiche 43(1-3)

Wolfe, C.T. (2015a). Il fascino discreto del vitalismo settecentesco e le sue riproposizioni. In P. Pecere, dir., Il libro della natura, vol. 1: Scienze e filosofia da Copernico a Darwin. Rome: Carocci.

Wolfe, C.T. (2015b). Was Canguilhem a biochauvinist? Goldstein, Canguilhem and the project of ‘biophilosophy’. In D. Meacham, dir., Medicine and Society, New Continental Perspectives. Dordrecht: Springer.

Wolfe, C.T., Terada M. (2008). The animal economy as object and program in Montpellier vitalism. Science in Context (21(4): 537-579

Wolfe, C.T., Normandin, S. dir. (2013). Vitalism and the scientific image in post-Enlightenment life science, 1800-2010. Dordrecht: Springer.

Séminaire PhilBio -04- Stéphane Giraudier et Raphael Itzykson

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Monday 19 December 2016 - 16:00 to 18:00
IHPST - Salle de conférence
Nous aurons le plaisir d'écouter Stéphane Giraudier (PUPH, Hôpital Saint Louis) intervenir sur le thème suivant:
 
« Cellules souches, émergence et développement des cancers » 
 
 
Résumé:
 

"La vision biologique actuelle de l'émergence et de l'évolution des cancers hématopoïétiques repose depuis près de 20 ans sur l'existence de cellules souches cancéreuses, contreparties pathologiques des cellules souches hématopoïétiques normales. Or le concept de cellule souche repose sur deux qualités intrinsèques de ces cellules: la totipotence et la division asymétrique: une cellule pouvant s'auto-renouveler et donner naissance en même temps à une cellule fille plus "mature" que la cellule initiale.

Actuellement toutes les qualités des cellules souches sont débatues par les biologistes: la totipotence que l'on croyait pouvoir mimer via les cellules ES puis iPS, se heurte à une quasi impossibilité à faire maturer normalement des cellules dédifférenciées, et l'auto-renouvellement présupposé éternel en est restreint à la capacité de 4 mitoses identiques (au mieux) au cours de la vie. De façon paradoxale le concept de cellules souches persiste en biologie.

Parmi les questionnements sur les cellules souches, plusieurs théories encore aujourd'hui non totalement obsolètes ont rapidement été proposées permettant d'expliquer le devenir d'une cellule souche/totipotente/douée d'auto-renouvellement. Deux grandes théories persistent encore. La première, stochastique, repose sur un comportement lié soit à l'aléa (les cellules s'orientant vers telle ou telle lignée mature "au hasard”) soit à la prédétermination (La cellule souche "sachant" initialement quel devra être son avenir mature).  Hasard ou prédétermination, pour cette théorie, seules les cellules adaptées à leur environnement survivent et la réponse au "besoin" en cellules matures n'est alors lié qu'à la sélection par l'environnement. La seconde théorie, déterministe, fait également appel à un rôle prépondérant de l'environnement cellulaire mais cette fois-ci comme environnement "éducatif" des cellules souches, l'environnement dictant alors le devenir de la cellule souche. La théorie stochastique a reçu étonnamment le plus grand succès théorique (et la théorie déterministe n'est presque plus enseignée actuellement) alors que d'un point de vue pratique, les grands progrès de l'hématologie reposent sur la théorie déterministe: c'est en effet de cette théorie que sont issues les découvertes des facteurs de croissance, actuellement largement utilisés en thérapeutique. En effet, les facteurs de croissance sécrétés principalement par l'environnement en réponse à un stress exercé sur les cellules matures "orientent" les cellules souches vers une lignée mature donnée permettant de réduire les temps d'absence de cellules matures indispensable à la survie lors des traitement par chimiothérapie par exemple.

Quoi qu'il en soit, les théories des cellules souches normales appliquées au développement des cancers hématologiques interrogent également sur le moment de survenue du cancer. Si la cellule tumorale est "souche", quand apparaît-elle? Préexiste t'elle au cancer? Est-elle  "prédéterminée", ne pouvant donner naissance qu'à des cellules cancéreuses comme le laisse entendre les hématologistes? Quel rôle joue alors l'environnement dans son devenir?

Nous tacherons à l'aide des données de la littérature biologique sur les cellules tumorales hématologiques d'approcher ces questions et les questions nouvelles qu'ils soulèvent quant à l'existence/ la définition des cellules souches."

 

Séminaire PhilBio -05- Jean-Louis Dessales, Cédric Gaucherel, Pierre-Henri Gouyon

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Monday 30 January 2017 - 16:00 to 18:00
IHPST - Salle de conférence

Nous aurons le plaisir d'écouter Jean-Louis Dessalles (Universté Paris-Saclay), Cédric Gaucherel (INRA), et Pierre-Henri Gouyon (MNHN) à propos de leur livre Le fil de la vie, La face immatérielle du vivant (Odile Jacob, 2016). 

 

Présentation de l'éditeur

Et si certaines entités vivantes n’étaient pas matérielles ? Potentiellement éternelles, en lutte pour la survie, elles évoluent. Elles constituent ce qui unit les êtres à travers le temps. Elles sont le fil de la vie. 

Ces entités vivantes immatérielles sont des informations. Elles existent à travers nous, dans nos gènes, dans notre culture, dans nos écosystèmes. La vie produit l’information, lit l’information et se définit par l’information qu’elle porte. Ce livre nous aide à comprendre le monde vivant d’une manière toute nouvelle !

Il est le résultat de discussions passionnées entre trois chercheurs qui, chacun à sa manière, étaient parvenus au même questionnement à propos de la nature. Ils nous proposent une nouvelle description du vivant, où la lutte pour l’existence n’est pas celle des êtres, mais des messages qui passent à travers eux et dont ils sont les hôtes éphémères.

Séminaire PhilBio -06- Denis Walsh

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Monday 27 February 2017 - 16:00 to 18:00
IHPST - Salle de conférence
Denis Walsh (Université de Toronto) :
"Nothing in Evolution Makes Sense Except in the Light of Biology"
 
 
 

Séminaire PhilBio -07- Marie Darrason

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Wednesday 29 March 2017 - 16:00 to 18:00
IHPST - Salle de conférence

Notre invitée sera Marie Darrason (Docteure en Philosophie, Interne des Hôpitaux de Paris, Post-doctorante associée à l'IHPST), elle interviendra sur le thème suivant: 

"Medecine de précision et medecine des systèmes :  la médecine personnalisée se trompe-t-elle de cible ?"

 

Résumé:
 

La « médecine personnalisée » peut être définie comme un programme de recherche visant à développer « le bon médicament pour la bonne personne au bon dosage et au bon moment », dans l’objectif de maximiser la balance bénéfice-risque qui accompagne nécessairement toute intervention thérapeutique. Dans cette présentation, en me concentrant sur le problème du développement des thérapies ciblées dans le cadre de l'oncologie médicale, mon objectif est de discuter les rapports épistémologiques et conceptuels qu'entretiennent deux programmes qui se réclament de la médecine personnalisée, la "médecine stratifiée" d'une part, aussi appellée "médecine de précision" et d’autre part, la "médecine des systèmes" ou "médecine des 4P". 

Ces deux programmes de recherche partagent bien un objectif commun : développer des thérapies ciblées (un médicament qui ne bénéficie qu'à certains patients porteurs d'un marqueur prédictif de la réponse au traitement) et de nouvelles manières de délimiter et de classer les maladies (fondées en partie sur l'identification de caractéristiques moléculaires particulières). En raison de cet objectif commun, la médecine de précision et la médecine des systèmes sont parfois simplement considérées comme deux faces de la même pièce - la médecine de précision représentant la dimension clinique de la médecine personnalisée, orientée vers le développement d'essais randomisés, tandis que la médecine des systèmes représenterait les fondements théoriques de la médecine personnalisée, orientée vers le développement de modèles explicatifs de la maladie. 

Je soutiens cependant que les rapports conceptuels qu'entretiennent ces deux programmes sont beaucoup plus complexes. En effet, le développement des thérapies ciblées dans le cadre de la médecine de précision s’appuie en grande partie sur le concept de "magic bullet" (à chaque biomarqueur permettant d’identifier un sous type de cancer correspondrait un médicament précis), alors que la médecine des systèmes (qui s’appuie sur les concepts de robustesse et de redondance fonctionnelle) nous montre que toute tentative de thérapie fondée sur une seule altération moléculaire ne peut aboutir qu’à un échec (c’est à dire au développement de résistances). Autrement dit, il s’agit de montrer que les thérapies ciblées ne pourront jamais être la seule manière de combattre le cancer et que la combinaison de plusieurs types de thérapeutiques (incluant entre autres les thérapies ciblées) est une conséquence inévitable (et non transitoire) de la médecine personnalisée. La médecine personnalisée se tromperait-elle de cible ? Ou pour le dire différemment, est-ce qu’il ne faut pas repenser différemment le développement des thérapies ciblées dans le cadre de la médecine de précision, en utilisant mieux les principes énoncés par la médecine des systèmes ? 

Dans une première partie, je présenterai les différences entre médecine des systèmes et médecine de précision. Puis j’analyserai le concept de « thérapie ciblée » et la manière dont les thérapies ciblées se sont développées dans le cadre de la médecine de précision, notamment en s’appuyant sur le concept d’addiction oncogénique. Je discuterai alors les limites théoriques et pratiques que rencontre le développement des thérapies ciblées en oncologie aujourd’hui. Enfin, je montrerai en quoi la médecine des systèmes développe des concepts qui nous amènent à envisager différemment le futur des thérapies ciblées et leur place dans la prise en charge thérapeutique du cancer. 

Séminaire PhilBio -08- Thomas Heams

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Monday 24 April 2017 - 16:00 to 18:00
IHPST - Salle de conférence

Notre invité sera Thomas Heams (AgroParisTech, INRA), il interviendra sur le thème suivant: 

"Définir le vivant sans le délimiter"

Résumé: 

La question de la définition minimale du vivant a un statut particulier en biologie : c'est à la fois un prérequis méthodologique crucial, un point de rencontre entre les biologistes et les philosophes de la discipline, et un enjeu éthique. Si cette question a pu longtemps paraître abstraite, et spéculative quand elle était consubstantielle à celle des origines du vivant, elle a regagné en intensité depuis que des techniques récentes rendent pensable une approche expérimentale du problème, et permettraient même d'envisager une synthèse de vie en laboratoire à partir de matière inerte. Ces projets, qui constituent un des territoires de la biologie de synthèse, reposent sur le modèle du vivant-machine, ce qui rejaillit sur la définition elle-même, qui se redéploie souvent en une somme de fonctions, ou une convergence entre celles-ci, par exemple le métabolisme, la réplication et l'évolutivité. Cette situation instable pose de redoutables problèmes épistémologiques, notamment car elle fait cohabiter des discours incompatibles, ou qu'elle impliquerait de se résigner à l'arbitraire d'une pondération entre les fonctions minimales considérées. En s'appuyant sur des travaux théoriques croisés à des données récentes issues de l'observation naturaliste et des biotechnologies, on tentera de proposer qu'une définition minimale du vivant est non seulement nécessaire mais possible,  en mobilisant d'autres outils définitionnels que celui de la délimitation. Modeste mais aussi opérationnelle, elle pourrait ainsi se défaire d'une partie de l'arbitraire évoqué plus haut, mieux saisir l'originalité du monde vivant, et mieux déconstruire les récits sur l'ingénierie du vivant.

Séminaire PhilBio -09- Christian Sachse

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Monday 15 May 2017 - 16:00 to 18:00
IHPST - Salle de conférence

Notre invité sera Christian Sachse (Université de Lausanne), il interviendra sur le thème suivant: 

"Du réductionnisme à la complexité"

Résumé: La présentation débutera avec la clarification d’un point de départ plutôt minimaliste, peu controversé et extrêmement convaincant en philosophie des sciences (par ex., le paradigme des explications causales, l’universalité et l’aspect fondamental de la physique par rapport aux sciences spéciales). Partant de là, la discussion s’orientera d’abord vers la question du rapport entre explications biologiques et explications réductives – et une série de problèmes sera présentée mettant en question la qualité et l’« autonomie » des explications biologiques. On posera notamment la question de savoir si le niveau d’abstraction des explications biologiques est objectivement justifiable. Afin de répondre adéquatement à la série de problèmes posée, le lien entre les débats sur, d’une part, la réalisation multiple (des propriétés biologiques) et, d’autre part, la notion de fonction biologique sera discuté. Notamment l’application l’analyse en termes de sous-ensembles (par ex., les propriétés fonctionnelles sont, ontologiquement parlant, des sous-ensembles dont la physique peut en principe également identifier lors d’analyse d’un système biologique) permettra de résoudre certains problèmes – mais au moins un « souci » fondamental demeurera : celui de la dépendance du contexte qui se retrouve dans toutes les manières dont la biologie classifie ses propriétés/systèmes. Pour résoudre le « souci » fondamental qui semble aussi ressortir de plusieurs d’autres débats en philosophie des sciences / philosophie de la biologie, notre attention sera centrée sur le débat récent lié à la notion d’individu biologique. Cela nous permettra de discuter plus avant l’aspect dynamique qui pourrait motiver une autre perspective. Il sera notamment question de la dynamique dans l’interaction causale dans et entre des systèmes complexes (par ex. entre des humains) et des systèmes complexes qui impliquent de repenser le rapport entre physique et biologie. La dernière question formulée sera dès lors celle de savoir dans quelle mesure la fin de cette analyse implique d’abandonner notre point de départ « minimaliste, peu controversé et extrêmement convaincant » ...

Séminaire PhilBio -10- Thomas Reydon

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Friday 30 June 2017 - 15:00 to 17:00
IHPST - Salle de conférence
Nous aurons le plaisir d'écouter Thomas Reydon (Leibniz Universität Hannover), intervenir sur le thème suivant:
 
"Taxa aren’t kinds, nor are they individuals: Lessons from phylogenetic practice for the meta-physics of biological classification"
 
Résumé: 
 
Systematic biology is the field of biology in which organismal diversity is classified and systematized. Among the principal aims of systematic biology are the grouping of organisms into basic units of biodiversity and the clustering of such units into larger groups within a tree-like system that highlights evolutionary relationships between the groups in the system. While the foundation of both classification and systematization is common descent (which Darwin in the Origin of Species proposed as the “hidden bond which naturalists have been unconsciously seeking”), commonality of descent cannot be observed but only inferred on the basis of morphological, behavioral and molecular organismal traits that constitute reliable traces from past evolutionary events (see for instance Sober’s classic treatment of this matter in Reconstructing the Past). This leads to problems of phylogenetic inference, i.e., questions regarding how to find the correct units of biodiversity, and how to select the correct phylogenetic tree(s) on the basis of a particular data set that represents the traits of the organisms under consideration (and what ‘correct’ means in this context in the first place). In their investigative practices systematists deal with these problems by invoking a number of assumptions and methodological decisions on, among other things, the individuation, selection and coding of organismal traits for the data set that will be analyzed, and the selection of the preferred phylogenetic tree from the set of trees produced in a phylogenetic analysis. In this talk I want to explore the consequences of such practice-based assumptions and decisions for the nature of the products of systematic biology – taxa and trees. In particular, I will try to show that taxa cannot be conceived of metaphysically as natural kinds (and trees as systems of kinds), but that conceiving them as individuals (with trees as larger individuals of which taxa are parts) is not a feasible option either. Rather, a practice-based metaphysics of systematic biology leads to a view of taxa and trees as constraints on grouping: they provide a necessary backbone for the whole of biological research by constraining the possibilities researchers have for grouping the objects they study (i.e., organisms, their parts, and their traits) into units that can be investigated and about which generalized knowledge statements can be formulated.

Séminaire Philbio : 2017-2018

Le séminaire de Philosophie de la Biologie de l'IHPST a été créé en septembre 2005 par Anouk Barberousse,Michel Morange et Thomas Pradeu. Il a lieu tous les mois, dans la salle de conférence de l'IHPST. Il fait alterner exposés de doctorants et de chercheurs internationaux. Il entend être un lieu de premier plan pour la recherche en philosophie de la biologie.

Responsable (s): 

Séminaire PhilBio - 01- Charbel El-Hani

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Tuesday 26 September 2017 - 15:00 to 17:00
IHPST - Salle de conférence

Notre invité sera Charbel El-Hani, Professeur de Philosophie à l'Université Fédérale de Bahia (Institute of Biology, Federal University of Bahia, National Institute of Science and Technology in Interdisciplinary and Transdisciplinary Studies in Ecology and Evolution, INCT IN-TREE), il interviendra sur le thème suivant: 

"Some ideas about genes in the postgenomic era"

Résumé

The gene concept has been one of the hallmarks in 20th century history of science, but is currently shrouded in controversy, given the difficulty for understanding the structural limits of the gene or the meaning of its function. Once conceived according to the so-called classical molecular concept, as a stretch of DNA coding for a functional product, which can be a single polypeptide chain or a functional RNA molecule, the gene amounted to a structural unit clearly delineated in the genome, to which one could ascribe a clear function. Currently, it is not a simple task to delimit what is a gene or explain how it functions. The gene concept is challenged by many problems. Consequently, a number of proposals for reconceptualizing the gene appeared in recent years, in the so-called postgenomic era. In this paper, I will discuss such proposals that emerged in the last 10 years, particularly focusing on Scherrer and Jost’s genon theory. From this discussion, I will derive some ideas regarding the understanding of what is a gene and how a gene functions in the postgenomic era, particularly focusing on the idea of a dynamic, systemic gene. Moreover, I will address results from previous studies on how genes and their functions are discussed in school science knowledge, in order to examine what are the consequences of the treatment of genes along schooling for citizenship education in a society increasingly affected by discourses about genes and genetic technologies. In particular, I will argue that things go seriously wrong in genetics education when not informed by historical and philosophical approaches to the gene.

Séminaire PhilBio - 02 - Tim Lewens

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Monday 9 October 2017 - 16:00 to 18:00
IHPST - Salle de conférence

Notre invité sera Tim Lewens, Professeur de Philosophie des sciences (University of Cambridge), son intervention portera sur le sujet suivant: 

"Neo-Paleyan Biology"

Résumé: 

This talk explores an ongoing tradition -- and perhaps a surprising one -- that we can helpfully characterise as ‘Neo-Paleyanism’. Prominent evolutionary thinkers from Darwin to Maynard Smith to Dawkins have repeatedly cited the work of the natural theologian William Paley with approval. Of course, they vehemently deny that biological phenomena demand explanation in terms of a designing intelligence. But they recommend attention to Paley’s criteria for the detection of adaptation in nature, and in some cases they have explicitly conceived of evolutionary processes in terms of the creation of design. The talk concludes with discussion of the most recent version of Neo-Palyenism, which we owe to Grafen and Gardner.

Publications:

Why We Disagree About Human Nature (Oxford: Oxford University Press, forthcoming). Edited with Elizabeth Hannon.

The Meaning of Science (London: Penguin, 2015)

Cultural Evolution: Conceptual Challenges (Oxford: Oxford University Press, 2015)

The Biological Foundations of Bioethics (Oxford: Oxford University Press, 2015)

Risk: Philosophical Perspectives, editor (London: Routledge, 2007)

Darwin (London: Routledge, 2007)

Organisms and Artifacts: Design in Nature and Elsewhere, Bradford Books, Life and Mind Series (Cambridge, MA: MIT Press, 2004)

https://www.people.hps.cam.ac.uk/index/teaching-officers/lewens

Séminaire PhilBio - 03 - Helen Longino

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Monday 6 November 2017 - 16:00 to 18:00
IHPST - Salle de conférence

Notre invitée sera Helen Longino, Professeure de philosophie (Stanford University), elle interviendra sur le sujet suivant:

 “Sex, Race, and Sciences of Human Behavior”

Résumé: 

Behaviors must be classified, behavioral concepts must be operationalized (made measurable) in order they can be susceptible to empirical study.  This talk examines the basis of recent operationalizations of aggression and sexual behavior and explores their (unintended) social consequences.

 

http://press.uchicago.edu/ucp/books/book/chicago/S/bo13025491.html

 

Séminaire PhilBio - 04 - François Képès

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Monday 27 November 2017 - 16:00 to 18:00
IHPST - Salle de conférence

Notre invité sera François Képès, biologiste cellulaire (Synovance, Académie des Technologies), son intervention portera sur le sujet suivant: 

La Biologie de Synthèse — Comment ? — Pourquoi ?
 
Résumé: 
 
La biologie de synthèse est l’ingénierie rationnelle de la biologie. L’ambition de ce domaine en pleine effervescence est de concevoir rationnellement et de construire de manière standardisée de nouveaux systèmes inspirés par la biologie, ou fondés sur ses composants. En 12 ans, la biologie de synthèse s’est imposée comme le fer de lance des biotechnologies, et ses applications commercialisées dépassent la centaine. Typiquement, une application vise, en partant de ressources renouvelables plutôt que fossiles, à produire par voie biologique un composé à haute valeur ajoutée, par exemple médicament, complément alimentaire, matériau textile, colorant, parfum etc.
Dans le passé, les avancées significatives de la biologie ont régulièrement contribué à acculer la définition du Vivant dans des recoins de plus en plus exigus. La biologie de synthèse est actuellement bien positionnée pour être la prochaine avancée technologique et scientifique à amenuiser encore le réduit du Vivant — sans pour autant dissiper le mystère de la vie.
Après avoir examiné ce qu’est aujourd’hui la pratique de la biologie de synthèse et son actualité, nous mentionnerons quelques applications récentes, puis discuterons à cette lumière des relations qu’elle induit entre historicité, innovation, auto-organisation, dessein rationnel et évolution. 
 
 

Séminaire PhilBio - 05 - Laurent Loison

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Monday 11 December 2017 - 16:00 to 18:00
IHPST - Salle de conférence

Notre invité sera Laurent Loison, Chargé de Recherches au CNRS, IHPST. Il interviendra sur le sujet suivant: 

« Assimilation génétique et hérédité des caractères acquis. L’héritage oublié de Conrad Waddington »

Résumé

Depuis la fin des années 1990 et l’ouverture du débat sur l’extension de la Théorie synthétique de l’évolution, le terme d’assimilation génétique est revenu sur le devant de la scène. Néanmoins, le contenu de ce concept demeure difficile à déterminer avec précision. En effet, celui-ci est souvent identifié à l’effet Baldwin, ou intégré au sein du schéma très inclusif de l’ « accommodation génétique ». Cette communication a pour objectif de souligner la spécificité du mécanisme d’assimilation génétique tel qu’il fut initialement élaboré par Conrad Waddington au cours des années 1940 et 1950.

Nous montrerons d’abord que l’effet Baldwin et l’assimilation génétique sont deux mécanismes distincts rendant compte de la même phénoménologie lamarckienne. Nous montrerons ensuite que l’interprétation standard du mécanisme d’assimilation génétique (lorsque celui-ci n’est pas confondu avec l’effet Baldwin), assise sur la notion de seuil d’apparition d’une phénocopie, n’était pas la conception privilégiée par Waddington. Chez Waddington, l’assimilation génétique n’a de sens qu’à la lumière du concept de canalisation et selon une perspective qui a été largement ignorée depuis un demi-siècle. Nous montrerons enfin que le concept originel d’assimilation génétique, parce qu’il renouvelle profondément la vieille question de l’hérédité des caractères acquis, constitue un défi autrement plus sérieux pour la Théorie synthétique que celui posé par l’effet Baldwin.

 

Séminaire PhilBio - 06 - Gustavo Caponi

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Monday 15 January 2018 - 16:00 to 18:00
IHPST - Salle de conférence

Notre invité sera Gustavo Caponi (Universidade Federale de Santa Catarina). Son intervention portera sur le sujet suivant: 

«La naturalisation darwinienne de la téléologie : les concepts de fonction, adaptation et design biologique»

Résumé

In Natural Selection Theory, the concept of biological function must be supposed to define the concept of fitness; and this one must be supposed to define the concept of adaptation and also to explain the phenomenon to which the last one alludes. These three concepts, on the other hand, are specifications of three concepts of more universal application. The concept of biological function is a particular case of the general concept of function; and the concept of fitness is a specification of the concept of convenience. The concept of adaptation, meanwhile, specifies the concept of design. The visualization of these conceptual joints allows to understanding the legitimacy of the naturalization of the teleology produced by the Darwinism.

 

Séminaire PhilBio - 07 - Alvaro Moreno

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Monday 29 January 2018 - 16:00 to 18:00
IHPST - Salle de conférence

 

Notre invité sera Alvaro Moreno, Professeur de philosophie des sciences à l'Université du Pays Basque (UPV/EHU).  Son intervention portera sur le sujet suivant: 

“Conceptual issues in the Origin of Life” 

Résumé

Current scientific research sees the origin of life as a set of processes that, together, would explain how, starting from a world dominated by purely physical-chemical principles, it has been possible that a specific set of molecules organize themselves in such a way that they develop a phased process, in which this initial organization has been able to bring forth new and increasingly complex forms of organization, till governing its own variability and deploying an undefined complexity and sustainability. This shared view, however, is full of scientific debates and puzzles, many of them attracting philosopher’s attention. Yet, philosophers should ask too which are the most fundamental issues behind these debates, namely which are the questions that lie behind the different Research Programs in the field, that drive and unify them. In this talk I will present a tentative list of four fundamental questions: the question of the specificity of the relation between matter and form; the emergence of functions; the emergence of individuality and agency; and the significance of unlimited evolvability.

 

Séminaire PhilBio - 08 - Grant Ramsey

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Monday 12 February 2018 - 16:30 to 18:30
IHPST - Salle de conférence

Notre invité sera Grant Ramsey, Professeur à l'Institut de Philosophie de L'Université de Louvain (KU Leuven), directeur du Ramsey Philosophy of Biology Lab. 

Séminaire PhilBio - 09 - Denis Forest

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Monday 5 March 2018 - 16:30 to 18:30
IHPST - Salle de conférence

Notre invité sera Denis Forest, Professeur à l'Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (IHPST). Son intervention portera sur le sujet suivant: 

"What’s the point of having a nervous system? Models in neurobiology and life’s neural strategy"

Résumé 

Neuroscientists routinely describe neural mechanisms in their endeavor to explain the behavior and the cognitive achievements of animals.  But in his Behavior of the lower organisms, H. S. Jennings already spoke of “the necessity of guarding against overrating the importance of the nervous system” (Jennings, 1906). Animals that do not possess a neural system (like sponges) exhibit some varieties of genuine behavior.  It has recently been argued that unicellular organisms like Physarum polycephalum are able to learn, while learning is a cognitive activity that we usually explain with the working of some kind of neural machinery (Boisseau et al, 2016). We are forced to reconsider life’s neural strategy among non-neural ones.

The talk will consider three kinds of models of what neural systems do: a) input- output models (Parker, 1919; Jekely, 2011), b) internal coordination models (Keijzer, Duijn and Lyon, 2013) and c) forward, that is, predictive models (von Holst and Mittelstaedt, 1950; Hohwy, 2014).  I shall raise questions about the nature and purpose of such models, in reference to Marr’s idea of computational theory (Marr, 1980). I shall ask what the contribution of these models to our understanding of the evolution of nervous systems and brains may be.  Finally, I’ll sketch what the relationships between modelling in neuroscience and philosophy of neuroscience could be, in the spirit of Chang’s idea of complementary science (Chang, 2004). 

Séminaire PhilBio - 10 - Evelyne Heyer

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Monday 9 April 2018 - 16:30 to 18:30
IHPST - Salle de conférence

Notre invitée sera Evelyne Heyer, Professeure d'anthropologie génétique au Muséum National d'Histoire Naturelle (MNHM, UMR 7206). Elle interviendra sur le sujet suivant: 

"L'évolution et la diversité génétique de notre espèce : le rôle de l'interaction entre culture et génétique"

Séminaire PhilBio - 11 - Charles Kollmer

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Monday 7 May 2018 - 16:30 to 18:30
IHPST - Salle de conférence

Notre invité sera Charles Kollmer (doctorant, Princeton University). Son intervention portera sur le sujet suivant: 

"From the Elephant to the Bacterium: Microbes, Metabolism, and the Chemistry of Life"

Résumé

During the interwar period, microbes took on a new role in the laboratory. They became exemplary life forms, used to shed light on the chemistry of metabolism. Where microbiologists working in the late nineteenth century had emphasized the specificity of microbial fermentation and infections, interwar microbiologists cultivated a different expertise; by paying careful attention to what microbes ate and excreted, these investigators extrapolated general theories of how living things obtain the energy that sustains them. From this work emerged compelling evidence for life's biochemical unity, an idea that would have profound effects for the shape of biology to come. In my dissertation, I trace the transformation of microbiology in the interwar period by comparing research conducted by microbiologists in the Netherlands, Germany, Great Britain, France, and the United States. This talk will feature a presentation of one of these case studies and a discussion of its implications for my broader argument.

Séminaire PhilBio - 12 - Catherine Dekeuwer-Carrier

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Monday 28 May 2018 - 16:30 to 18:30
IHPST - Salle de conférence

Notre invitée sera Catherine Dekeuwer-Carrier, Maître de conférences à l'Université Lyon III Jean Moulin.  

Séminaire PhilBio - 13 - Thomas Pradeu

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Monday 18 June 2018 - 16:00 to 18:00
IHPST - Salle de conférence

Notre invité sera Thomas Pradeu, Directeur de Recherches au CNRS (CNRS, Immuno ConcEpT, UMR5164, Université of Bordeaux), il interviendra sur le thème suvant: 

"Pourquoi passer de la Philosophie de la biologie à la Philosophie dans la biologie?" 

 

Résumé

La philosophie de la biologie est un domaine fascinant et qui a connu un développement remarquable au cours des trente dernières années. Pourtant, ce domaine reste de taille réduite, ses problématiques sont relativement peu nombreuses et n’évoluent guère au cours du temps et, surtout, la plupart des biologistes n’ont pas connaissance de la philosophie de la biologie et, lorsqu’ils en ont connaissance, peu s’en servent dans leurs recherches.

Dans cet exposé, je souhaiterais poser les fondements d’une approche particulière, que j’appelle « philosophie dans la biologie », et qui pourrait contribuer à ouvrir davantage la philosophie de la biologie à la biologie en train de se faire. L’objectif majeur de cette approche est de co-produire avec des scientifiques des contributions à la philosophie et à la science. La philosophie dans la biologie a quelques précédents, mais elle reste minoritaire. J’essaierai donc de montrer pourquoi cette ouverture est plus que jamais utile, que les défis à relever pour la réaliser sont immenses mais pas insurmontables, et enfin que cette ouverture ne doit pas se faire au prix d’une moindre exigence philosophique. Il s’agira également de montrer, de manière très pratique, comment faciliter la mise en œuvre de ce travail d’interface entre philosophes et scientifiques. 

Séminaire Philbio : 2018-2019

Séminaire Philbio - 01 - Denis Walsh

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Monday 15 October 2018 - 14:30 to 16:30
IHPST - Salle de conférence

Denis Walsh, University of Toronto - The Paradox of Population Thinking: First order causes and higher order effects

Abstract

Darwin's discovery of natural selection was achieved by a change in perspective Ernst Mayr called ‘population thinking’. In its Modern Synthesis version, population thinking seems to embody paradox: that the processes that go on within organisms both are and aren’t explanatorily relevant to evolution. I attempt to diffuse the paradox by introducing a distinction between two kinds of explanations of population phenomena: first-order cause, and higher-order effect explanations. These are, I argue, complementary, autonomous, and both necessary modes of evolutionary explanation. In first-order cause explanations the properties of organisms are relevant; in higher-order effect explanations they are not. I attempt to resolve the recent dispute over the proximate/ultimate distinction in terms of the first-order cause/higher-order effect distinction.

Séminaire Philbio - 02 - Baptiste Morizot

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Monday 5 November 2018 - 14:30 to 16:30
IHPST - Salle de conférence

Baptiste Morizot, Université Aix-Marseille, CEPERC -  Les épistémologies des sciences du vivant sont-elles naturalistes au sens descolien?

Résumé

Il s'agira de faire dialoguer les concepts forgés par l'anthropologue P. Descola dans Par delà nature et culture pour qualifier les schèmes ontologiques (naturalisme, animisme, analogisme, totémisme) avec les manières d’enquêter propres aux sciences du vivants contemporaines (spécifiquement l'éthologie, l'écologie des communautés, et la biologie des communications végétales et bactériennes). Le naturalisme est entendu ici comme schème ontologique, et pas comme procédure de "naturalisation", c'est donc un tout autre espace de débat conceptuel que celui qui anime l'épistémologie analytique autour des questions de naturalisation (bien qu'il existe des recoupements). La thèse productive défendue par P. Descola est qu'il existe une solidarité entre le naturalisme et la stabilisation des formes d'enquêtes qu'on appelle "sciences de la nature". On essaiera de montrer que ce point est plus que crédible lorsqu'il s'agit de penser le discours général que les sciences mainstream tiennent sur elles-mêmes, leur spécificité et leur mythe fondateur, mais qu'il en va tout autrement lorsqu'on observe ce que font les chercheurs dans certaines branches des sciences du vivant, qui enquêtent sur des phénomènes vivants qui semblent exiger d'eux qu'ils mobilisent quelque chose comme des heuristiques qu'on appellera animistes et analogistes. Tout l'enjeu reviendra à déterminer pour quels motifs les sciences dites naturalistes sont en fait chimérisées de manières d'enquêter plus volontiers associables à d'autres schèmes ontologiques, et la productivité de cette approche en termes d'essor d’intelligibilité. Enfin, on se demandera si ce phénomène n'indique pas la possibilité pour la tradition naturaliste de se dépasser, mais depuis les sciences du vivant, en en faisant sauter les coutures de l'intérieur.

 

Séminaire Philbio - 03 - Virginie Maris

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Monday 19 November 2018 - 14:30 to 16:30
IHPST - Salle de conférence

Virginie Maris, CNRS, Centre d'Ecologie Fonctionnelle et Evolutive - Les sciences de la nature après la mort de la nature - la place des humains dans l'écologie scientifique

Résumé

L’écologie scientifique a longtemps considéré les activités humaines comme une variable exogène à son système d’étude, qu’elles soient purement ignorées ou considérées comme un facteur de perturbation. L’évidence du caractère global de l’influence humaine sur le fonctionnement de la biosphère invite à réviser en profondeur ce parti-pris et à développer une écologie globale ou systémique, qui ne soit pas tributaire d’une idéalisation des systèmes écologiques comme indépendants des activités humaines. Je discuterai cet appel pour une « écologie anthropocénique » et j’en montrerai les limites. Je décrirai dans un premier temps « ce que fait » l’Anthropocène à la distinction traditionnelle entre sciences de l’homme et sciences de la nature. Je présenterai ensuite certaines formes exemplaires de cette nouvelle écologie. Enfin, je défendrai la pertinence et la nécessité de conserver une distinction théorique entre les processus naturels et les activités humaines en écologie, en particulier pour les dimensions de l’écologie directement mobilisées par les sciences de la conservation.

Séminaire Philbio - 04 - Francesca Merlin

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Monday 3 December 2018 - 14:30 to 16:30
IHPST - Salle de conférence

Francesca Merlin, CNRS, Paris 1-IHPST - L’épigénétique et le problème du développement : défis conceptuels et épistémologiques 

Résumé

Mon objectif est de discuter un certain nombre de questions philosophiques soulevées par les recherches récentes en épigénétique, en particulier dans le cadre de l’étude du développement. Ces questions concernent les trois points suivants : 1) les diverses façons dont l’épigénétique est conçue et définie, et les engagements métaphysiques, épistémologiques et méthodologiques de ces visions différentes  ; 2) l’impact potentiel de l’épigénétique sur le débat au sujet de la distinction « nature-nurture », notamment à la lumière du rôle de l’environnement et de plusieurs échelles temporelles (intra- et inter-générationnelles) dans les processus épigénétiques ; 3) la question de savoir si les résultats des recherches en épigénétique représentent un changement révolutionnaire par rapport aux explications génétiques du développement. 

 

Séminaire Philbio - 05 - Priscille Touraille - REPORTÉ

French
Monday 17 December 2018 - 14:30 to 16:30
IHPST - Salle de conférence

Priscille Touraille, CNRS, MNHN, Musée de l’Homme, "Mâle/femelle: catégories heuristiques en sciences de la vie ?"

Résumé à venir

Séminaire Philbio - 06 - Virginie Courtier-Orgogozo

French
Monday 4 February 2019 - 13:30 to 15:30
IHPST - Salle de conférence

Virginie Courtier-Orgogozo, Institut Jacques Monod, CNRS, Université Paris Diderot -  L'identité en biologie : une notion qui brasse les échelles

Résumé

La biologie, science ayant pour objet d'étude le monde vivant, applique le concept d'identité aux êtres vivants mais aussi à des entités vivantes d'échelle inférieure ou supérieure (par exemple une cellule, un organe, une colonie de fourmis, une espèce). Comment identifier un élément vivant particulier et le distinguer de tous les autres ? Qu'est-ce qui fait qu'une entité vivante reste la même au cours du temps, alors que ses constituants internes peuvent être entièrement renouvelés ? Et comment suivre cette entité au cours du temps ? Cette première série de questions correspond au premier sens du mot « identité » en biologie, que nous nommerons l'identité singulière. Le concept d'identité est également utilisé en sciences biologiques pour comparer des entités et leur attribuer des propriétés permettant de les grouper, ou de les classer. C'est ce que nous appellerons l'identité descriptive. Ainsi, les cellules qui possèdent une identité neurale - les neurones - se distinguent des cellules musculaires et peuvent se décliner en différents types cellulaires : les cellules pyramidales, les cellules de Purkinje, les neurones olfactifs, etc. La notion d'identité en biologie souligne donc à la fois le fait qu'une entité vivante est unique, et qu'elle partage des caractéristiques communes avec d'autres. Comment cette identité est-elle mise en place, maintenue, transmise et modifiée ? Nous n'aborderons pas les notions d'identité qui concernent exclusivement l'être humain.

Séminaire Philbio - 07 - Stéphane Schmitt

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Monday 11 February 2019 - 14:30 to 16:30
IHPST - Salle de conférence

Stéphane Schmitt, CNRS, Université Paris Diderot-SPHÈRE - De Paris à Moscou via Leipzig : circulation, traduction et réception des conceptions de Buffon sur l'espèce

Résumé

Buffon est connu, notamment, pour avoir mené une réflexion approfondie sur la notion d'espèce et sur ses "dégénérations", une réflexion qui a joué un rôle important dans l'émergence du transformisme à partir de la seconde moitié du 18e siècle. Cet exposé est une contribution à l'étude des modalités concrètes de cette influence et des conséquences de ces modalités sur les contenus scientifiques. En particulier, je m'intéresserai à la manière biaisée dont certains textes de Buffon sur l'espèce et la dégénération ont été traduits en allemand, puis en russe, et sur les possibles implications de ces altérations sur la réception des idées de Buffon en Europe.

Séminaire Philbio - 08 - Marc Ratcliff

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Monday 11 March 2019 - 14:30 to 16:30
IHPST - Salle de conférence

Marc Ratcliff, Université de Genève, Genèse et déploiement d’une découverte : la division des infusoires (mitose) par H.-B. de Saussure (1765)

Résumé

L’objectif de ce séminaire est de présenter le modèle du fait scientifique développé dans l’ouvrage Genèse d’une découverte : la division des infusoires (Paris, Presses du  Muséum, 2016).

De nombreuses interrogations sont à l’origine de ce travail : quels outils un chercheur doit-il créer pour construire ou identifier un nouveau fait scientifique ? Qu’y a-t-il de commun entre la construction du fait et sa réception ? Comment les contenus d’un cahier de laboratoire interagissent-ils avec les réseaux de correspondances et les publications ? Enfin, comment concilier les champs de l’analyse de la créativité et de la réception d’une découverte de laboratoire ? Pour aborder ces questions, j’ai reconstruit la découverte de la division des infusoires par le savant genevois Horace-Bénédict de Saussure (1740-1799) – premières images et interprétation de ce que, dans le contexte de la théorie cellulaire, on appellera mitose au milieu du 19e siècle.

L’hypothèse principale sur laquelle repose toute l’analyse est que le savant, ou groupe de savants, qui sort du laboratoire en sachant qu’a été faite une découverte a été fondamentalement transformé. C’est le cas de Saussure, comme le montre l’analyse de son cahier de cahier de laboratoire (1765). A cet effet, l’analyse microgénétique permet de montrer quels types de transformations se sont opérées, créant chez l’auteur un ordre d’évidenciation, relativement à la portion de réalité que la découverte a investie, aussi nécessaire que l’est par exemple aujourd’hui la lecture de l’heure pour chacun d’entre nous. Supposant non seulement une relation entre un système expérimental et un phénomène aboutissant à une interprétation stable, le fait scientifique identifié comporte une dimension supplémentaire de nécessité interne de ce phénomène et la manière par laquelle il se réalise, dont un auteur est le premier à construire les outils mentaux permettant de l’envisionner. Cette première partie de l’histoire nous mènera à explorer la dynamique de confinement, c’est-à-dire la capacité de tout auteur (ou auteur collectif) à rester, le temps de la construction, en deça des frontières du moment fondamental du rendu public où sa découverte, en général par le moyen de la publication, devient un objet pour l’ensemble de la communauté scientifique.Abordant ainsi le temps de la dynamique de relation, on verra le sort de la découverte se sceller collectivement non pas par la reproduction de l’expérience, mais par un mécanisme bien plus profond où les acteurs qui refont les expériences vont en réalité eux aussi se transformer par rapport à la portion de réalité en question. En effet, ces acteurs vont reconstruire en eux-mêmes les outils équivalents qui ont  été construits par l’auteur, permettant ainsi de porter sur le fait scientifique objet de la découverte, exactement les mêmes regard et interprétation, devenus nécessaires, que l’auteur. De même que l’auteur dans la dynamique de confinement, les acteurs dans la dynamique de relation en résultent non pas convaincus, mais bien évidenciés.

Nous aborderons ces questions en reconstruisant la découverte et sa réception par une communauté d’acteurs. En reliant l’enquête microhistorique à l’analyse épistémologique pour comprendre le double parcours du chercheur et de son objet, cette enquête propose une nouvelle lecture des relations entre construction, découverte et réception d’un fait scientifique.

Séminaire Philbio - 09 - Claude-Olivier Doron

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Monday 25 March 2019 - 13:30 to 15:30
IHPST - Salle de conférence

Claude-Olivier Doron, Université Paris-Diderot-SPHERE/Centre Canguilhem, L'histoire épistémologique de la "race" et  les conditions d'émergence du concept de "race" en histoire naturelle

Résumé

Dans cette conférence, nous chercherons dans un premier temps à présenter les principes méthodologiques d'une histoire épistémologique des concepts de "race" en la contrastant avec d'autres approches historiographiques ou philosophiques sur le sujet. Nous proposerons ensuite, au moyen de cette méthode, un rapide panorama des différents concepts de "race" tels qu'on peut les repérer et tels qu'ils fonctionnent dans des champs de savoir et au sein de pratiques hétérogènes entre le XVIe et le XVIIIe siècles, avant de nous intéresser de manière plus précise aux conditions épistémologiques de formation du concept de "race" en histoire naturelle, tel qu'il se définit au cours du XVIIIe siècle. Cette analyse permettra de mettre en avant quelques points de désaccords importants par rapport à certaines lectures historiographiques traditionnelles sur le sujet. D'une part, la mise en avant de la non-évidence de la place de la "race" en tant que catégorie classificatoire et, inversement, la valeur fondamentalement généalogique du concept, puisque nous montrerons que l'entrée de la notion de "race" en histoire naturelle est inséparable de l'entrée plus générale d'un style de raisonnement généalogique qui met au coeur de l'analyse des êtres naturels le problème des rapports de parenté, de la transmission des caractères et de l'origine, suscitant ce faisant un certain nombre de difficultés et de tensions qu'il faudra expliciter. Ensuite, le rôle fondamental des monogénistes - partisans de l'unité de l'espèce - dans l'usage stratégique de ce concept de "race" pour déjouer l'alternative traditionnelle espèce/variété, pour des raisons qu'il nous faudra là-encore préciser. Enfin, loin d'apparaître simplement comme un concept qui vise univoquement à figer et essentialiser les différences, en les situant hors de la nature et de son histoire, nous verrons que la notion de "race" est aussi intimement liée à une analyse dynamique et relativement plastique des variations héréditaires, qui les inscrit d'ailleurs dans des projets biopolitiques visant à agir dessus, à les transformer et les améliorer ou les faire disparaître. Le modèle fourni par l'élevage et l'agronomie, autant que par la médecine, est sur ce point fondamental. Nous tenterons d'en tirer enfin - si le temps le permet - un certain nombre de considérations plus actuelles, dans le cadre du "retour" de la "race" au croisement de la génomique et de la biomédecine.  

Séminaire Philbio - 10 - Guillaume Lachenal

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Monday 8 April 2019 - 14:30 to 16:30
IHPST - Salle de conférence

Guillaume Lachenal, Université Paris Diderot, Une archéologie de la biomédecine: traces matérielles et biologiques dans l’écriture de l’histoire médicale. Exemples en terrain africain

Résumé
 
A partir d’exemples de recherches menées en Afrique, je proposerai une réflexion sur ce que peut apporter un regard archéologique sur l’histoire de la biomédecine. J’envisage la perspective archéologique au sens propre du terme, au sens d’une confrontation aux traces matérielles et biologiques du passé telles qu’elles affleurent dans le présent. Comment ce regard permet-il d’écrire une autre histoire médicale, moins centrée sur les discours et les textes des médecins, et ouverte à d’autres voix, d’autres gestes et d’autres acteurs - en particulier dans les situations post-coloniales? Comment en particulier construire dans ce cadre un dialogue entre histoire et sciences de la vie?

Séminaire Philbio - 11 - Arnaud Pocheville

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Monday 6 May 2019 - 14:30 to 16:30
IHPST - Salle de conférence

Arnaud Pocheville, CNRS & Université Paul Sabatier, L'information en biologie: la perspective d'un agnostique

Résumé

L'information est une notion centrale en biologie. Son rôle au moins heuristique se décline aussi bien dans l'étude du fonctionnement cellulaire que dans celle du développement et de l'évolution. Pourtant, cette notion d'apparence théorique ne s'appuie sur aucune théorie solidement fondée en biologie. Les théories de l'information en mathématiques ne sont pas des théories de l'information en biologie. Face à ce constat, une division s'opère: certains soulignent l'irréconciabilité des théories de l'information mathématiques avec ce que nous savons du vivant tandis que d'autres appellent de leurs vœux (et de leurs travaux) la fondation d'une théorie solide de l'information biologique. Dans cette présentation, j'explorerai une voie alternative, celle d'un agnosticisme raisonnable: il est très plausible que des phénomènes véritablement informationnels existent en biologie, mais il est également plausible que, du fait même de leur nature informationnelle, ils ne soient ni mesurables, ni utilisables pour comprendre le vivant.

 

Séminaire Philbio - 12 - Sabina Leonelli

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Monday 27 May 2019 - 14:30 to 16:30
IHPST - Salle de conférence

Sabina Leonelli, University of Exeter - What's in a name? The Globalisation of Plant Descriptors and Its Relevance to Biological Research

Abstract

Within the last two decades, plant science has increasingly sought to apply fundamental biological insights and new techniques developed through laboratory studies of model organisms to research on crops. This move was accompanied by a growth in efforts to (1) move research outside of the standard laboratory environment and into hybrid spaces (such as field stations, farm platforms and smart glasshouses) that are perceived to better capture features of the ‘natural environment’; (2) integrate agronomic research with ‘basic’ plant science, so as to harness cutting-edge insights into molecular mechanisms and related technologies to increase food security; (3) study plant species of economic and cultural interest to parts of the world other than Europe and the United States, such as cassava and bambara groundnut; (4) increase knowledge about gene-environment interactions, using phenotypic traits as conduits to understand the impact of genetic modifications and/or environmental changes on plant structures and behaviors; and (5) produce ‘global’ infrastructures and venues where data, germplasm and knowledge about plant species used in different parts of the world can be shared and discussed. This paper will discuss the epistemic implications of these trends, focusing on the issues arising from attempts to share phenomic data about crops across different locations, and particularly between high-resourced and low-resourced research environments. In particular, I discuss the case of the Crop Ontology and its efforts to document and link the diversity of tools, terminologies and variables used to describe widely diverse species in different parts of the world. I argue that such practices do not relate in straightforward ways to traditional taxonomic practices, and in fact defy existing understandings of systematisation in biology and beyond. Here is a case where reliance on a universal approach to identifying and labelling traits has repeatedly proved problematic, and yet the attempt to articulate semantic differences is generating new ways to develop and communicate biological knowledge. 

Séminaire Philbio - 13 - Elena Casetta

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Monday 3 June 2019 - 14:30 to 16:30
IHPST - Salle de conférence

Elena Casetta, Università degli Studi di Torino/Unito, Rethinking the natural/artificial distinction in the light of the contemporary framing of conservation biology

Abstract

Traditionally, a categorical distinction is recognized between natural and artificial entities. In this contribution I shall argue that such a way to articulate the distinction is not adequately suited to the contemporary practices of nature conservation, and I will try to provide an account more in line with them. Focusing on a particular kind of objects that I suggest to name "environmental objects", I propose the view of "Naturalness as independence", according to which, the more or less an environmental object's identity conditions and survival depend on human intervention, the more or less it is artificial or natural, respectively. I then will test the naturalness as independence view through three different case studies. 

Séminaire Philbio - 01 - Johannes Martens

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Tuesday 24 September 2019 - 14:00 to 16:00
IHPST - Salle de conférence

Johannes Martens, Université Catholique de Louvain (UCL) - Fraternal vs. egalitarian transitions in individuality: two processes, one concept?

In the biological literature, a “major transition in individuality” refers to the process by which a new population of biological individuals emerges from a population of entities that were previously able to undergo natural selection. During this process, the lower level entities lose their status as units of selection, and become parts of the higher level individuals (Buss 1987; Michod 1999).

Two sorts of transition are usually distinguished by evolutionary biologists, namely fraternal and egalitarian transitions (Queller 1997). In a fraternal transition, genetical relatedness plays a key role in the “transfer” of individuality from the lower level to the higher level, whereas in an egalitarian transition, the “transfer” depends on the complementarity of the partners, and on the existence of a common reproductive fate between them. The evolution of multicellular organisms is often cited as a paradigmatic instance of fraternal transition, while some symbiotic alliances – such as the eukaryote cell (which resulted from the integration of two or more prokaryotes) – are commonly regarded as bona fide outcomes of egalitarian transitions.

In the biological and philosophical literature, the term “major transition in individuality” is equally applied to describe fraternal and egalitarian events. Yet, significant differences exist between the kinds of organisation that have emerged from these evolutionary processes. In this talk, our goal will be to shed light on the nature of these differences, and to see whether the same notion of biological individuality can be used to account for the higher level outcomes of both fraternal and egalitarian transitions. We will further envisage some of the main implications/limits of a general evolutionary approach for our current understanding of endosymbioses.

Séminaire Philbio - 02 - Anais Bohuon

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Tuesday 15 October 2019 - 14:00 to 16:00
IHPST - Salle de conférence

Anaïs Bohuon, STAPS, Université Paris Sud - Le sport a t il un sexe? L'exemple des contrôles médicaux de sexe imposés aux sportives

Résumé à venir

Séminaire Philbio - 03 - Antonine Nicoglou

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Tuesday 5 November 2019 - 16:00 to 18:00
IHPST - Salle de conférence

Antonine Nicoglou, Université de Tours - Nouveau regard sur l'héritabilité et la place de l'environnement

Important : exceptionnellement, le séminaire Philbio aura lieu de 16h à 18h

Résumé à venir

Séminaire Philbio - 04 - Lauriane Mouysset

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Tuesday 3 December 2019 - 14:00 to 16:00
IHPST - Salle de conférence

Lauriane Mouysset, CNRS, CIRED

Titre et résumé à venir

Séminaire Philbio - 05 - Philippe Jarne

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Tuesday 14 January 2020 - 14:00 to 16:00
IHPST - Salle de conférence

Philippe Jarne, CNRS, CEFE - Dynamique éco-évolutive et fonctionnement des communautés biologiques – l’exemple de communautés d’eau douce aux Antilles

Résumé à venir

Séminaire Philbio - 06 - Janaina Namba

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Tuesday 4 February 2020 - 14:00 to 16:00
IHPST - Salle de conférence

Janaina Namba, Universidade Federal de São Carlos - Phylogénèse et les fondements biologiques de la psychanalyse

Résumé à venir

Séminaire Philbio - 07 - André Ariew

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Tuesday 10 March 2020 - 14:00 to 16:00
IHPST - Salle de conférence

André Ariew, University of Missouri - How Darwin Used Statistics to Develop His Theory of Evolution (en collaboration avec Jean Gayon)

Résumé à venir

Séminaire Philbio - 08 - Barbara Stiegler

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Tuesday 31 March 2020 - 14:00 to 16:00
IHPST - Salle de conférence

Barbara Stiegler, Université de Bordeaux

Titre et résumé à venir

Séminaire Philbio - 09 - Charles Pence

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Tuesday 19 May 2020 - 14:00 to 16:00
IHPST - Salle de conférence

Charles Pence, Université catholique de Louvain

Titre et résumé à venir

Séminaire Philbio - 10 - Anne-Lise Rey

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Tuesday 9 June 2020 - 14:00 to 16:00
IHPST - Salle de conférence

Anne-Lise Rey, Université Paris Nanterre

Titre et résumé à venir