Séminaire Philbio : 2016-2017

Le séminaire de Philosophie de la Biologie de l'IHPST a été créé en septembre 2005 par Anouk Barberousse,Michel Morange et Thomas Pradeu. Il a lieu tous les mois, dans la salle de conférence de l'IHPST. Il fait alterner exposés de doctorants et de chercheurs internationaux. Il entend être un lieu de premier plan pour la recherche en philosophie de la biologie.

Responsable (s): 

Séminaire PhilBio -01- Maureen O'Malley

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Monday 26 September 2016 - 16:00 to 18:00
IHPST - Salle de conférence

Notre invitée sera Maureen O'Malley, titulaire d'une Chaire d'Excellence IdEX à l'Université de Bordeaux (CIRID / ALYSAI), elle interviendra sur le thème suivant: 

"Holobionts and their epistemic status"

Résumé : There has been a lot of discussion recently about the ‘nature’ of holobionts (communities of microorganisms in all sorts of niches, including the human body, which will be my focus). I doubt this is a genuine metaphysical debate. I will show you how certain supposedly holistic notions of holobionts came about epistemically (as methodological artefacts). I will then show how strong community-level notions of holobionts are being undermined as mechanistic analyses come to the fore in this research field. Also undermined are accompanying claims about ‘dysbiosis’ and ‘homeostasis’. Finally, I will reflect on whether communities that do not function as physiological wholes could possibly function as evolutionary individuals.

Séminaire PhilBio -02- Paul Griffiths

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Monday 17 October 2016 - 16:00 to 18:00
IHPST - Salle de conférence

Notre invité sera Paul Griffiths (University of Sydney), il interviendra sur le thème suivant : "Causation and Information in Living Systems".

 

Résumé: Biologists tend to think of structures as carrying information when they are involved in causally specific relationships” (Woodward 2010, 314). We analyze three examples in which biologists have singled out some causes as sources of information for their effects. These are (1) Francis Crick’s use of the idea of information to state the Central Dogma and sequence hypothesis, (2) distinctions between ‘instructive’ and ‘permissive’ interactions in development, (3) recent work seeking to locate the 'missing information' for mRNA splicing. These case studies provide significant support for Woodward's proposal. We briefly summarize earlier work in which we have developed a quantitative measure of causal specificity using tools from information theory, and use this to analyze and argue against two proposals to define biological information as specificity plus some extra ingredient.  We conclude that the idea of causal specificity is a promising explication of the idea that some but not all causes in biology are sources of information for their effects.

 

Séminaire PhilBio -03- Charles T. Wolfe

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Monday 21 November 2016 - 16:00 to 18:00
IHPST - Salle de conférence

Notre invité sera Charles T. Wolfe (Sarton Center for History of Science, Ghent University), il interviendra sur le thème suivant: 

"Organismes, économies animales, constitution de la biologie: Écrire l’histoire du vitalisme"

 

Résumé: 

Le problème du statut du vitalisme dans l'histoire de ce qu'on appelait à l'époque de Canguilhem et Jacques Roger, la « pensée biologique », est connu. Le vitalisme désignerait la doctrine, ou ensemble de doctrines, qui serait aux limites (ou aux marges ?) de la pratique scientifique raisonnable. Selon cette vision commune et encore assez répandue (plus encore dans le contexte anglophone qu'en Allemagne ou en France, où certaines intuitions biophilosophiques font encore partie d'un patrimoine quasi-national, avec des accents kanto-hégéliens, bichato-bernardiens, etc.), le vitalisme consiste à tricher : à faire entrer en jeu des forces vitales mystérieuses, au sein d'une étude prétendument scientifiquement de la nature vivante (en biologie, en embryologie, en médecine, en physiologie, etc.). On doit par exemple à Francis Crick une célèbre formule sur les vitalistes, « charlatans » contemporains (cranks) : «  à ceux d’entre vous qui seraient vitalistes, je fais ce pronostic : ce que tout le monde croyait hier, et que vous croyez aujourd’hui, demain seuls les charlatans (cranks) le croiront » (Crick 1966).

J'ai tenté plusieurs fois de dissiper ou critiquer cette intuition courante, surtout en essayant d’historiser la question (Wolfe & Terada 2008, Wolfe & Normandin, dir. 2013), afin de montrer qu’il existe plusieurs formes de vitalisme (Wolfe 2011, 2015a). Au minimum, un vitalisme ‘substantiel’, qui pose l’existence d’une force ou principe vital comme substance (au même titre que le reste des choses existantes au monde) : c’est typiquement la position de Stahl ou de Driesch (ibid.). Puis un vitalisme ‘fonctionnel’, qui cherche à saisir les propriétés fonctionnelles de systèmes vivants, sans transmuer ces propriétés en un fondement ontologique : c’est typiquement la position des vitalistes de Montpellier mais aussi de Claude Bernard, y compris telle qu’elle est reprise de nos jours par W. Bechtel (Bechtel 2007, 2013). Enfin, j’ai tâché de montrer ailleurs que chez Canguilhem, à la suite de Kurt Goldstein (mais prolongeant une intuition kantienne, que l’on retrouvera également chez le Dennett du ‘intentional stance’), on trouve une sorte de vitalisme ‘cognitif’ ou ‘constructiviste’, au sens où il se fonde sur un acte de construction mentale (Canguilhem 1965 ; Wolfe 2013 & 2015b).

Je tâcherai ici (i) de revenir sur cette historisation du vitalisme, en posant la question (ii) de son rapport à l’histoire des sciences et à une pratique scientifique légitime (Šešelja & Straßer 2014), à la constitution de la biologie comme science (McLaughlin 2002, Gayon 2011) et (iii) du statut du vitalisme aujourd’hui, dans un contexte marqué par les divers refus du génocentrisme (particulièrement du type West-Eberhard, Oyama, Griffiths – voir les articles dans le n° spécial de History and Philosophy of the Life Sciences de 2010 sur le concept d’organisme, dir. Huneman et Wolfe) mais aussi dans les tendances vitalistes présentes dans l’énactivisme, que je rangerai dans la catégorie ‘substantialiste’ (tel Evan Thompson, 2007, discuté sous la catégorie d’embodiment dans Wolfe 2014). Car après tout, il ne suffit pas d’opposer à l’opprobre d’un Crick, la suffisance tranquille de l’épistémologie historique.

 

Bibliographie

Bechtel, W. (2007). Biological mechanisms: Organized to maintain autonomy. In F. Boogerd et al., dir., Systems Biology: Philosophical Foundations. New York: Elsevier.

Bechtel, W. (2013). Dynamic Mechanistic Explanation: Addressing the Vitalist’s Objections to Mechanistic Science. In Wolfe, C.T., Normandin, S. dir., Vitalism and the scientific image in post-Enlightenment life science, 1800-2010. Dordrecht: Springer.

Canguilhem, G. (1965). Aspects du vitalisme [1946-1947]. In Canguilhem, La connaissance de la vie, éd. revue. Paris: Vrin.

Crick, F. (1966). Of Molecules and Men. Seattle: University of Washington Press.

Gayon, J. (2011). Vitalisme et philosophie de la biologie. In P. Nouvel, dir., Repenser le vitalisme. Paris: PUF.

Gilbert, S., Sarkar, S. (2000). Embracing Complexity: Organicism for the 21st Century. Developmental Dynamics 219: 1-9.

McLaughlin, P. (2002). Naming biology. Journal of the History of Biology 35: 1-4.

Šešelja, D., & Straßer, C. (2014). Epistemic justification in the context of pursuit: A coherentist approach. Synthese 191(13): 3111-3141

Thompson, E. (2007). Mind in Life. Cambridge, Mass.: Harvard University Press.

Wolfe, C.T. (2011). From substantival to functional vitalism and beyond, or from Stahlian animas to Canguilhemian attitudes. Eidos 14: 212-235

Wolfe, C.T. (2013). L’organisme : concept hybride et polémique. In J.-J. Kupiec, dir., La vie, et alors ? Une histoire critique de la biologie. Paris: Belin.

Wolfe, C.T. (2014). Holism, organicism and the risk of biochauvinism. Verifiche 43(1-3)

Wolfe, C.T. (2015a). Il fascino discreto del vitalismo settecentesco e le sue riproposizioni. In P. Pecere, dir., Il libro della natura, vol. 1: Scienze e filosofia da Copernico a Darwin. Rome: Carocci.

Wolfe, C.T. (2015b). Was Canguilhem a biochauvinist? Goldstein, Canguilhem and the project of ‘biophilosophy’. In D. Meacham, dir., Medicine and Society, New Continental Perspectives. Dordrecht: Springer.

Wolfe, C.T., Terada M. (2008). The animal economy as object and program in Montpellier vitalism. Science in Context (21(4): 537-579

Wolfe, C.T., Normandin, S. dir. (2013). Vitalism and the scientific image in post-Enlightenment life science, 1800-2010. Dordrecht: Springer.

Séminaire PhilBio -04- Stéphane Giraudier et Raphael Itzykson

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Monday 19 December 2016 - 16:00 to 18:00
IHPST - Salle de conférence
Nous aurons le plaisir d'écouter Stéphane Giraudier (PUPH, Hôpital Saint Louis) intervenir sur le thème suivant:
 
« Cellules souches, émergence et développement des cancers » 
 
 
Résumé:
 

"La vision biologique actuelle de l'émergence et de l'évolution des cancers hématopoïétiques repose depuis près de 20 ans sur l'existence de cellules souches cancéreuses, contreparties pathologiques des cellules souches hématopoïétiques normales. Or le concept de cellule souche repose sur deux qualités intrinsèques de ces cellules: la totipotence et la division asymétrique: une cellule pouvant s'auto-renouveler et donner naissance en même temps à une cellule fille plus "mature" que la cellule initiale.

Actuellement toutes les qualités des cellules souches sont débatues par les biologistes: la totipotence que l'on croyait pouvoir mimer via les cellules ES puis iPS, se heurte à une quasi impossibilité à faire maturer normalement des cellules dédifférenciées, et l'auto-renouvellement présupposé éternel en est restreint à la capacité de 4 mitoses identiques (au mieux) au cours de la vie. De façon paradoxale le concept de cellules souches persiste en biologie.

Parmi les questionnements sur les cellules souches, plusieurs théories encore aujourd'hui non totalement obsolètes ont rapidement été proposées permettant d'expliquer le devenir d'une cellule souche/totipotente/douée d'auto-renouvellement. Deux grandes théories persistent encore. La première, stochastique, repose sur un comportement lié soit à l'aléa (les cellules s'orientant vers telle ou telle lignée mature "au hasard”) soit à la prédétermination (La cellule souche "sachant" initialement quel devra être son avenir mature).  Hasard ou prédétermination, pour cette théorie, seules les cellules adaptées à leur environnement survivent et la réponse au "besoin" en cellules matures n'est alors lié qu'à la sélection par l'environnement. La seconde théorie, déterministe, fait également appel à un rôle prépondérant de l'environnement cellulaire mais cette fois-ci comme environnement "éducatif" des cellules souches, l'environnement dictant alors le devenir de la cellule souche. La théorie stochastique a reçu étonnamment le plus grand succès théorique (et la théorie déterministe n'est presque plus enseignée actuellement) alors que d'un point de vue pratique, les grands progrès de l'hématologie reposent sur la théorie déterministe: c'est en effet de cette théorie que sont issues les découvertes des facteurs de croissance, actuellement largement utilisés en thérapeutique. En effet, les facteurs de croissance sécrétés principalement par l'environnement en réponse à un stress exercé sur les cellules matures "orientent" les cellules souches vers une lignée mature donnée permettant de réduire les temps d'absence de cellules matures indispensable à la survie lors des traitement par chimiothérapie par exemple.

Quoi qu'il en soit, les théories des cellules souches normales appliquées au développement des cancers hématologiques interrogent également sur le moment de survenue du cancer. Si la cellule tumorale est "souche", quand apparaît-elle? Préexiste t'elle au cancer? Est-elle  "prédéterminée", ne pouvant donner naissance qu'à des cellules cancéreuses comme le laisse entendre les hématologistes? Quel rôle joue alors l'environnement dans son devenir?

Nous tacherons à l'aide des données de la littérature biologique sur les cellules tumorales hématologiques d'approcher ces questions et les questions nouvelles qu'ils soulèvent quant à l'existence/ la définition des cellules souches."

 

Séminaire PhilBio -05- Jean-Louis Dessales, Cédric Gaucherel, Pierre-Henri Gouyon

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Monday 30 January 2017 - 16:00 to 18:00
IHPST - Salle de conférence

Nous aurons le plaisir d'écouter Jean-Louis Dessalles (Universté Paris-Saclay), Cédric Gaucherel (INRA), et Pierre-Henri Gouyon (MNHN) à propos de leur livre Le fil de la vie, La face immatérielle du vivant (Odile Jacob, 2016). 

 

Présentation de l'éditeur

Et si certaines entités vivantes n’étaient pas matérielles ? Potentiellement éternelles, en lutte pour la survie, elles évoluent. Elles constituent ce qui unit les êtres à travers le temps. Elles sont le fil de la vie. 

Ces entités vivantes immatérielles sont des informations. Elles existent à travers nous, dans nos gènes, dans notre culture, dans nos écosystèmes. La vie produit l’information, lit l’information et se définit par l’information qu’elle porte. Ce livre nous aide à comprendre le monde vivant d’une manière toute nouvelle !

Il est le résultat de discussions passionnées entre trois chercheurs qui, chacun à sa manière, étaient parvenus au même questionnement à propos de la nature. Ils nous proposent une nouvelle description du vivant, où la lutte pour l’existence n’est pas celle des êtres, mais des messages qui passent à travers eux et dont ils sont les hôtes éphémères.

Séminaire PhilBio -06- Denis Walsh

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Monday 27 February 2017 - 16:00 to 18:00
IHPST - Salle de conférence
Denis Walsh (Université de Toronto) :
"Nothing in Evolution Makes Sense Except in the Light of Biology"
 
 
 

Séminaire PhilBio -07- Marie Darrason

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Wednesday 29 March 2017 - 16:00 to 18:00
IHPST - Salle de conférence

Notre invitée sera Marie Darrason (Docteure en Philosophie, Interne des Hôpitaux de Paris, Post-doctorante associée à l'IHPST), elle interviendra sur le thème suivant: 

"Medecine de précision et medecine des systèmes :  la médecine personnalisée se trompe-t-elle de cible ?"

 

Résumé:
 

La « médecine personnalisée » peut être définie comme un programme de recherche visant à développer « le bon médicament pour la bonne personne au bon dosage et au bon moment », dans l’objectif de maximiser la balance bénéfice-risque qui accompagne nécessairement toute intervention thérapeutique. Dans cette présentation, en me concentrant sur le problème du développement des thérapies ciblées dans le cadre de l'oncologie médicale, mon objectif est de discuter les rapports épistémologiques et conceptuels qu'entretiennent deux programmes qui se réclament de la médecine personnalisée, la "médecine stratifiée" d'une part, aussi appellée "médecine de précision" et d’autre part, la "médecine des systèmes" ou "médecine des 4P". 

Ces deux programmes de recherche partagent bien un objectif commun : développer des thérapies ciblées (un médicament qui ne bénéficie qu'à certains patients porteurs d'un marqueur prédictif de la réponse au traitement) et de nouvelles manières de délimiter et de classer les maladies (fondées en partie sur l'identification de caractéristiques moléculaires particulières). En raison de cet objectif commun, la médecine de précision et la médecine des systèmes sont parfois simplement considérées comme deux faces de la même pièce - la médecine de précision représentant la dimension clinique de la médecine personnalisée, orientée vers le développement d'essais randomisés, tandis que la médecine des systèmes représenterait les fondements théoriques de la médecine personnalisée, orientée vers le développement de modèles explicatifs de la maladie. 

Je soutiens cependant que les rapports conceptuels qu'entretiennent ces deux programmes sont beaucoup plus complexes. En effet, le développement des thérapies ciblées dans le cadre de la médecine de précision s’appuie en grande partie sur le concept de "magic bullet" (à chaque biomarqueur permettant d’identifier un sous type de cancer correspondrait un médicament précis), alors que la médecine des systèmes (qui s’appuie sur les concepts de robustesse et de redondance fonctionnelle) nous montre que toute tentative de thérapie fondée sur une seule altération moléculaire ne peut aboutir qu’à un échec (c’est à dire au développement de résistances). Autrement dit, il s’agit de montrer que les thérapies ciblées ne pourront jamais être la seule manière de combattre le cancer et que la combinaison de plusieurs types de thérapeutiques (incluant entre autres les thérapies ciblées) est une conséquence inévitable (et non transitoire) de la médecine personnalisée. La médecine personnalisée se tromperait-elle de cible ? Ou pour le dire différemment, est-ce qu’il ne faut pas repenser différemment le développement des thérapies ciblées dans le cadre de la médecine de précision, en utilisant mieux les principes énoncés par la médecine des systèmes ? 

Dans une première partie, je présenterai les différences entre médecine des systèmes et médecine de précision. Puis j’analyserai le concept de « thérapie ciblée » et la manière dont les thérapies ciblées se sont développées dans le cadre de la médecine de précision, notamment en s’appuyant sur le concept d’addiction oncogénique. Je discuterai alors les limites théoriques et pratiques que rencontre le développement des thérapies ciblées en oncologie aujourd’hui. Enfin, je montrerai en quoi la médecine des systèmes développe des concepts qui nous amènent à envisager différemment le futur des thérapies ciblées et leur place dans la prise en charge thérapeutique du cancer. 

Séminaire PhilBio -08- Thomas Heams

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Monday 24 April 2017 - 16:00 to 18:00
IHPST - Salle de conférence

Notre invité sera Thomas Heams (AgroParisTech, INRA), il interviendra sur le thème suivant: 

"Définir le vivant sans le délimiter"

Résumé: 

La question de la définition minimale du vivant a un statut particulier en biologie : c'est à la fois un prérequis méthodologique crucial, un point de rencontre entre les biologistes et les philosophes de la discipline, et un enjeu éthique. Si cette question a pu longtemps paraître abstraite, et spéculative quand elle était consubstantielle à celle des origines du vivant, elle a regagné en intensité depuis que des techniques récentes rendent pensable une approche expérimentale du problème, et permettraient même d'envisager une synthèse de vie en laboratoire à partir de matière inerte. Ces projets, qui constituent un des territoires de la biologie de synthèse, reposent sur le modèle du vivant-machine, ce qui rejaillit sur la définition elle-même, qui se redéploie souvent en une somme de fonctions, ou une convergence entre celles-ci, par exemple le métabolisme, la réplication et l'évolutivité. Cette situation instable pose de redoutables problèmes épistémologiques, notamment car elle fait cohabiter des discours incompatibles, ou qu'elle impliquerait de se résigner à l'arbitraire d'une pondération entre les fonctions minimales considérées. En s'appuyant sur des travaux théoriques croisés à des données récentes issues de l'observation naturaliste et des biotechnologies, on tentera de proposer qu'une définition minimale du vivant est non seulement nécessaire mais possible,  en mobilisant d'autres outils définitionnels que celui de la délimitation. Modeste mais aussi opérationnelle, elle pourrait ainsi se défaire d'une partie de l'arbitraire évoqué plus haut, mieux saisir l'originalité du monde vivant, et mieux déconstruire les récits sur l'ingénierie du vivant.

Séminaire PhilBio -09- Christian Sachse

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Monday 15 May 2017 - 16:00 to 18:00
IHPST - Salle de conférence

Notre invité sera Christian Sachse (Université de Lausanne), il interviendra sur le thème suivant: 

"Du réductionnisme à la complexité"

Résumé: La présentation débutera avec la clarification d’un point de départ plutôt minimaliste, peu controversé et extrêmement convaincant en philosophie des sciences (par ex., le paradigme des explications causales, l’universalité et l’aspect fondamental de la physique par rapport aux sciences spéciales). Partant de là, la discussion s’orientera d’abord vers la question du rapport entre explications biologiques et explications réductives – et une série de problèmes sera présentée mettant en question la qualité et l’« autonomie » des explications biologiques. On posera notamment la question de savoir si le niveau d’abstraction des explications biologiques est objectivement justifiable. Afin de répondre adéquatement à la série de problèmes posée, le lien entre les débats sur, d’une part, la réalisation multiple (des propriétés biologiques) et, d’autre part, la notion de fonction biologique sera discuté. Notamment l’application l’analyse en termes de sous-ensembles (par ex., les propriétés fonctionnelles sont, ontologiquement parlant, des sous-ensembles dont la physique peut en principe également identifier lors d’analyse d’un système biologique) permettra de résoudre certains problèmes – mais au moins un « souci » fondamental demeurera : celui de la dépendance du contexte qui se retrouve dans toutes les manières dont la biologie classifie ses propriétés/systèmes. Pour résoudre le « souci » fondamental qui semble aussi ressortir de plusieurs d’autres débats en philosophie des sciences / philosophie de la biologie, notre attention sera centrée sur le débat récent lié à la notion d’individu biologique. Cela nous permettra de discuter plus avant l’aspect dynamique qui pourrait motiver une autre perspective. Il sera notamment question de la dynamique dans l’interaction causale dans et entre des systèmes complexes (par ex. entre des humains) et des systèmes complexes qui impliquent de repenser le rapport entre physique et biologie. La dernière question formulée sera dès lors celle de savoir dans quelle mesure la fin de cette analyse implique d’abandonner notre point de départ « minimaliste, peu controversé et extrêmement convaincant » ...

Séminaire PhilBio -10- Thomas Reydon

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Friday 30 June 2017 - 15:00 to 17:00
IHPST - Salle de conférence
Nous aurons le plaisir d'écouter Thomas Reydon (Leibniz Universität Hannover), intervenir sur le thème suivant:
 
"Taxa aren’t kinds, nor are they individuals: Lessons from phylogenetic practice for the meta-physics of biological classification"
 
Résumé: 
 
Systematic biology is the field of biology in which organismal diversity is classified and systematized. Among the principal aims of systematic biology are the grouping of organisms into basic units of biodiversity and the clustering of such units into larger groups within a tree-like system that highlights evolutionary relationships between the groups in the system. While the foundation of both classification and systematization is common descent (which Darwin in the Origin of Species proposed as the “hidden bond which naturalists have been unconsciously seeking”), commonality of descent cannot be observed but only inferred on the basis of morphological, behavioral and molecular organismal traits that constitute reliable traces from past evolutionary events (see for instance Sober’s classic treatment of this matter in Reconstructing the Past). This leads to problems of phylogenetic inference, i.e., questions regarding how to find the correct units of biodiversity, and how to select the correct phylogenetic tree(s) on the basis of a particular data set that represents the traits of the organisms under consideration (and what ‘correct’ means in this context in the first place). In their investigative practices systematists deal with these problems by invoking a number of assumptions and methodological decisions on, among other things, the individuation, selection and coding of organismal traits for the data set that will be analyzed, and the selection of the preferred phylogenetic tree from the set of trees produced in a phylogenetic analysis. In this talk I want to explore the consequences of such practice-based assumptions and decisions for the nature of the products of systematic biology – taxa and trees. In particular, I will try to show that taxa cannot be conceived of metaphysically as natural kinds (and trees as systems of kinds), but that conceiving them as individuals (with trees as larger individuals of which taxa are parts) is not a feasible option either. Rather, a practice-based metaphysics of systematic biology leads to a view of taxa and trees as constraints on grouping: they provide a necessary backbone for the whole of biological research by constraining the possibilities researchers have for grouping the objects they study (i.e., organisms, their parts, and their traits) into units that can be investigated and about which generalized knowledge statements can be formulated.